FreeSurfer je softwarový balíček pro zobrazování mozku pomocí magnetické rezonance vyvinutý Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging v Massachusetts General Hospital za podpory CorTechs Labs, Inc, La Jolla, CA. Je to důležitý nástroj pro funkční mapování mozku a usnadňuje vizualizaci funkčních oblastí vysoce skládané mozkové kůry. Obsahuje jak objemovou, tak povrchovou analýzu, která primárně využívá povrch bílé hmoty . FreeSurfer zahrnuje nástroje pro rekonstrukci topologicky správných a geometricky přesných modelů šedé/bílé a piální plochy, pro měření tloušťky kortikální vrstvy, plochy povrchu a skládaní a pro výpočet mezioborové registrace na základě vzoru kortikálních záhybů. Kromě toho je součástí balení automatizované značení 35 nekortikálních oblastí.
Centrální procesní proud projektu se nazývá recon-all, který organizuje syrové MRI snímky do formátů snadno použitelných pro morfometrickou a funkční MRI statistickou analýzu pomocí balíčku FsFast. Freesurfer používá morfovanou sférickou metodu k průměrování napříč subjekty pro GLM skupinovou analýzu pomocí nástroje QDEC. Tkmedit a Tksurfer jsou editační a vizualizační nástroje obsažené v balíčku, ale po jeho dokončení budou nahrazeny Scubou. Projekt také automaticky segmentuje objem a parceluje povrch do standardizovaných oblastí zájmu (ROI), které vyvinulo Centrum pro morfometrickou analýzu. Balíček má široké spektrum dalších použití, včetně retinotopy a analýzy tloušťky kortikální kůry.
FreeSurfer snadno spolupracuje se Softwarovou knihovnou FMRIB (FSL), což je obsáhlá knihovna pro analýzu obrazu, kterou napsala skupina Functional MRI of the Brain (FMRIB) v Oxfordu ve Velké Británii. Výsledky funkční aktivace získané pomocí FreeSurfer Functional Analysis Stream (FS-FAST) nebo nástrojů FSL mohou být pomocí FreeSurferu překryty na nafouklé, kulovité nebo zploštělé kortikální povrchy. FreeSurfer také používá sady nástrojů od MNI MINC, VXL, Tcl/Tk/Tix/BLT a Qt, které jsou všechny dostupné s distribucí. Další neurozobrazovací programy jako Caret a 3D Slicer mohou také importovat data zpracovaná FreeSurferem.
FreeSurfer běží na Mac OS a Linuxu. Registrace a instalace jsou k dispozici zdarma. Dokumentaci naleznete na FreeSurfer Wiki a bezplatná podpora je k dispozici od vývojářů a komunity přes FreeSurfer mailing list.