Mnohé způsoby léčby psychického strádání v 18. století byly založeny na pseudovědeckých myšlenkách, například na frenologii.
Ačkoli moderní, vědecká psychologie je často datována k otevření první psychologické kliniky Wilhelmem Wundtem v roce 1879, pokusy o vytvoření metod pro hodnocení a léčbu duševních potíží existovaly již dávno předtím. Nejstarší zaznamenané přístupy byly kombinací náboženských, magických a/nebo lékařských perspektiv. Mezi rané příklady takových psychologických myslitelů patřili Patañjali, Padmasambhava, Rhazes, Avicenna a Rumi (viz Islámská psychologie a východní filozofie a klinická psychologie).
V neformálním smyslu lze říci, že psychoterapie byla praktikována v průběhu věků, neboť jednotlivci dostávali psychologické rady a ujištění od ostatních. Účelná, teoreticky založená psychoterapie byla pravděpodobně poprvé vyvinuta na Blízkém východě během 9. století perským lékařem a psychologickým myslitelem Rhazesem, který byl svého času hlavním lékařem bagdádské psychiatrické nemocnice. Na Západě však byly vážné duševní poruchy obecně léčeny jako démonické nebo zdravotní stavy vyžadující trest a uvěznění až do příchodu morální léčby v 18. století. To přineslo zaměření na možnost psychosociální intervence – včetně uvažování, morálního povzbuzování a skupinových aktivit – k rehabilitaci „šílených“.
V 19. století si člověk mohl nechat zkoumat hlavu, doslova, za použití frenologie, studium tvaru lebky vyvinuté uznávaným anatomem Franzem Josephem Gallem. Další populární léčba zahrnovala fyziognomii – studium tvaru obličeje – a mesmerismus, vyvinutý Franzem Antonem Mesmerem – navržený tak, aby pomocí magnetů zmírnil psychickou tíseň. Populární byl také spiritualismus a technika „duševního uzdravení“ Phinease Quimbyho, která byla velmi podobná modernímu pojetí „pozitivní vizualizace“.
Zatímco vědecká obec nakonec všechny tyto metody odmítla, akademičtí psychologové se také nezabývali vážnými formami duševních chorob. Touto oblastí se již zabývaly rozvíjející se obory psychiatrie a neurologie v rámci azylového hnutí a používání morální terapie. Teprve na konci 19. století, přibližně v době, kdy Sigmund Freud ve Vídni poprvé vyvíjel svou „lékárnu na mluvení“, začala první vědecky klinická aplikace psychologie – na Pensylvánské univerzitě, na pomoc dětem s poruchami učení.
Ačkoli se klinický psycholog původně zaměřoval na psychologické hodnocení, praxe psychoterapie, kdysi výhradní doména psychiatrů, se po druhé světové válce začlenila do této profese. Psychoterapie začala praktikou psychoanalýzy, „léčbou mluvením“, kterou vyvinul Sigmund Freud. Brzy poté začali teoretikové jako Alfred Adler a Carl Jung zavádět nové koncepce o psychologickém fungování a změně. Tito a mnoho dalších teoretiků pomohlo rozvinout obecnou orientaci, nyní nazývanou psychodynamická terapie, která zahrnuje různé terapie založené na Freudově základním principu uvědomění nevědomí.
Ve dvacátých letech se dominantním paradigmatem stal behaviorismus a zůstal jím až do padesátých let. Behaviorismus používal techniky založené na teoriích operantního podmiňování, klasického podmiňování a teorie sociálního učení. Mezi hlavní přispěvatele patřili Joseph Wolpe, Hans Eysenck a B.F. Skinner. Protože behaviorismus popíral nebo ignoroval vnitřní mentální aktivitu, představuje toto období obecné zpomalení pokroku v oblasti psychoterapie.
Wilhelm Reich začal rozvíjet Body psychoterapii ve 30. letech 20. století.
Od 50. let 20. století se v reakci na behaviorismus nezávisle vyvíjely dvě hlavní orientace – kognitivismus a existenciálně-humanistická terapie. Humanistické hnutí se do značné míry rozvíjelo jak z Existenciálních teorií spisovatelů jako Rollo May a Viktor Frankl, tak z Personálně zaměřené psychoterapie Carla Rogerse. Všechny tyto orientace se zaměřovaly méně na nevědomí a více na podporu pozitivní, holistické změny prostřednictvím rozvoje podpůrného, skutečného a empatického terapeutického vztahu.
Během 50. let vyvinul Albert Ellis první formu kognitivně behaviorální terapie, Rational Emotive Behavior Therapy (REBT) a o několik let později Aaron T. Beck kognitivní terapii. Obě tyto metody zahrnovaly terapii zaměřenou na změnu přesvědčení člověka, v kontrastu s přístupem psychodynamických terapií založeným na vhledu nebo novějším vztahovým přístupem humanistických terapií. Kognitivní a behaviorální přístupy byly v průběhu 70. let kombinovány, což vyústilo v kognitivně behaviorální terapii (CBT). Vzhledem k orientaci na úlevu od příznaků, kolaborativní empirismus a modifikaci základních přesvědčení získal tento přístup široké přijetí jako primární léčba četných poruch.
Od sedmdesátých let byly v rámci oboru rozvíjeny a přijímány další významné perspektivy. Zřejmě dvěma největšími byly Systémová terapie – která se zaměřuje na rodinnou a skupinovou dynamiku – a Transpersonální psychologie, která se zaměřuje na duchovní stránku lidské zkušenosti. Dalšími důležitými směry rozvíjenými v posledních třech desetiletích jsou Feministická terapie, Somatická psychologie, Expresivní terapie a aplikovaná Pozitivní psychologie. Klinická psychologie se v Japonsku vyvíjela směrem k integrovanější sociálně orientované metodologii poradenství. Praxe se v Indii vyvíjela jak z tradičních metafyzických a ájurvédských systémů, tak ze západních metodologií.
Od roku 1993 pracovní skupina Americké psychologické asociace (American Psychological Association Division 12) vytvořila a revidovala seznam empiricky podporované psychologické léčby specifických poruch. Obecně lze říci, že kognitivně behaviorální léčba psychických poruch získala větší podporu než jiné psychoterapeutické přístupy. Mezi klinickými vědci a praktickými lékaři probíhá vášnivá debata o nadřazenosti praktik založených na důkazech a někteří předložili korelační data, která naznačují, že většina hlavních terapií má přibližně stejnou účinnost a že terapeut, klient a terapeutická aliance mají na svědomí větší část klientského zlepšení oproti psychoterapii. Zatímco mnoho doktorandských vzdělávacích programů v klinické psychologii zaujalo silný empirický přístup k psychoterapii, který vedl k většímu důrazu na kognitivně behaviorální intervence, jiné vzdělávací programy a psychologové nyní přejímají eklektickou orientaci. Toto integrační hnutí se pokouší kombinovat nejúčinnější aspekty všech škol praxe.