Peptidová sekvence

Sekvence peptidů nebo aminokyselin je pořadí, ve kterém v řetězci peptidů a proteinů leží zbytky aminokyselin, spojené peptidovými vazbami. Sekvence se obecně udává od N-koncového konce obsahujícího volnou aminovou skupinu k C-koncovému konci obsahujícímu volnou karboxylovou skupinu. Sekvence peptidů se často nazývá proteinová sekvence, pokud představuje primární strukturu proteinu.

Sekvenční notace a aplikace

Mnoho peptidových sekvencí bylo stanoveno a zaznamenáno v sekvenčních databázích. Tyto databáze mohou k popisu peptidové sekvence používat různé notace. Plné názvy aminokyselin se uvádějí zřídka; místo toho se obvykle pro stručnost zaznamenávají třípísmenné nebo jednopísmenné zkratky.

Ze samotné sekvence lze provést několik dedukcí. Dlouhé úseky hydrofobních zbytků mohou indikovat transmembránové helice. Tyto helice mohou indikovat, že peptid je buněčný receptor. Určité zbytky indikují oblast beta listu. Pokud je k dispozici plnohodnotná sekvence proteinu, je možné odhadnout izoelektrický bod proteinu. Metody pro stanovení sekvence peptidu zahrnují dedukci ze sekvence DNA, Edmanovu degradaci a hmotnostní spektrometrii.

Techniky sekvenční analýzy mohou být použity, aby se zjistilo více o peptidu. Tyto techniky obvykle spočívají v porovnání sekvence s jinými sekvencemi ze sekvenčních databází. Jiné sekvence již mohly být studovány a mohou být považovány za významné. Zjištění o těchto sekvencích mohou být použitelná pro zkoumanou sekvenci.

Distribuované počítačové aplikace

Doporučujeme:  Perorální fixace