V molekulární biologii se termín polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP, často vyslovovaný „rif-lip“) používá ve dvou souvisejících kontextech: jako charakteristika molekul DNA (vyplývající z jejich rozdílných nukleotidových sekvencí), podle které je lze rozlišit, a jako laboratorní technika, která tuto charakteristiku využívá ke srovnání molekul DNA. Technika se využívá při genetickém snímání otisků prstů a testování otcovství.
Obvykle se nejprve extrahuje a vyčistí DNA z jednotlivého vzorku. Purifikovaná DNA může být amplifikována polymerázovou řetězovou reakcí (PCR). DNA se pak rozřeže na restrikční fragmenty pomocí vhodných endonukleáz, které rozřežou molekulu DNA pouze tam, kde jsou specifické sekvence DNA, nazývané sekvence rozpoznávání nebo restrikční místa, která jsou rozpoznána enzymy. Tyto sekvence jsou specifické pro každý enzym a mohou být buď čtyři, šest, osm, deset nebo dvanáct párů bází na délku. Čím více párů bází je v restrikčním místě, tím je specifičtější a tím je nižší pravděpodobnost, že najde místo k rozříznutí. Může to být lepkavý koncový řez, kdy je jedno vlákno dvouvláknové DNA ponecháno delší než druhé, nebo tupý koncový řez, kdy jsou obě vlákna rozříznuta na stejnou délku. Restrikční fragmenty se pak oddělí podle délky elektroforézou agarózového gelu. Elektroforézou se oddělí molekuly DNA na základě jejich molekulové hmotnosti. Výsledný gel může být zvětšen jižním blotováním. Alternativně mohou být fragmenty vizualizovány předúpravou nebo následnou úpravou agarózového gelu za použití metod, jako je barvení ethidium-bromidem nebo stříbrné barvení.
Vzdálenost mezi místy řezanými restrikčními enzymy (restrikčními místy) se u jednotlivých jedinců liší v důsledku inzercí, delecí nebo transverzí. To způsobuje, že délka fragmentů se liší a pozice určitých amplikonů se u jednotlivých jedinců liší (tedy polymorfismus). To lze použít ke genetickému rozlišení jedinců. Může to také ukázat genetický vztah mezi jedinci, protože děti zdědí genetické prvky po svých rodičích. Mitochondriální DNA Analýzy RFLP mohou vést k určení mateřských vztahů. Fragmenty mohou být také použity k určení vztahů mezi druhy a mezi nimi porovnáním výsledných haplotypů.
RFLP je technika používaná při markerové asistované selekci . Terminální restrikční fragmentová délka Polymorfismus (TRFLP nebo někdy T-RFLP) je technika molekulární biologie původně vyvinutá pro charakterizaci bakteriálních společenstev ve vzorcích smíšených druhů. Tato technika byla také aplikována na další skupiny včetně půdních hub.
Technika pracuje s PCR amplifikací DNA pomocí párů primerů, které byly označeny fluorescenčními značkami. Produkty PCR jsou pak stráveny pomocí RFLP enzymů a výsledné vzory jsou vizualizovány pomocí sekvenceru DNA. Výsledky jsou analyzovány buď jednoduchým počítáním a porovnáním pásem nebo vrcholů v TRFLP profilu, nebo porovnáním pásem z jednoho nebo více TRFLP běžících do databáze známých druhů.
Technika je v některých aspektech podobná DGGE nebo TGGE.