Projekt byl založen v roce 1987 za účelem sběru a prezentace materiálů pro studium starověkého Řecka. Vydal dvě CD-ROMy a v roce 1995 založil Digitální knihovnu Perseus na World Wide Web. Projekt rozšířil svůj původní záběr; současné sbírky pokrývají řecko-římské klasiky, anglickou renesanci, práce Edwina Bollese a historii Tufts University.
Šéfredaktorem projektu je Gregory Crane, Tufts Winnick Family Chair in Technology and Entrepreneurship. Šéfredaktorem je od založení projektu Perseus.
Starověká řecká díla v Perseovi jsou uložena jako beta kód, i když mohou být přeformátována pro zobrazení do různých transkripčních systémů.