Při dýchání všichni plazi dýchají pomocí plic. U vodních želv se vyvinula propustnější kůže a některé druhy upravily své kloaky tak, aby zvětšily prostor pro výměnu plynů (Orenstein, 2001). I s těmito úpravami není dýchání nikdy zcela dokončeno bez plic. Větrání plic je prováděno různě v každé hlavní skupině plazů. U čtvernožců jsou plíce větrány téměř výhradně axiální muskulaturou. Jedná se také o stejnou muskulaturu, která se používá při pohybu. Kvůli tomuto omezení je většina čtvernožců nucena zadržovat dech při intenzivních výbězích. Někteří však našli způsob, jak to obejít. Varanidi a několik dalších druhů ještěrů používá bukální pumpování jako doplněk k jejich normálnímu „axiálnímu dýchání“. To umožňuje zvířatům zcela naplnit jejich plíce během intenzivní lokomoce, a zůstat tak dlouho aerobně aktivní. Je známo, že ještěři Tegu mají protobránici, která odděluje plicní dutinu od dutiny viscerální. I když nejsou ve skutečnosti schopni pohybu, umožňují větší nafouknutí plic tím, že odebírají váhu vnitřností z plic (Klein et al, 2003). Krokodýli mají ve skutečnosti svalovou bránici, která je analogická bránici savců. Rozdíl je v tom, že svaly pro krokodýlí bránici stahují stydké kosti (část pánve, která je u krokodýlů pohyblivá) zpět, což zmenšuje játra, čímž uvolňuje prostor pro zvětšení plic. Tento typ bráničního nastavení bývá označován jako „jaterní píst“.
Jak želvy a želvy dýchají, bylo předmětem mnoha studií. Do dnešního dne bylo zkoumáno jen několik málo druhů dostatečně důkladně, aby bylo možné získat představu o tom, jak to želvy dělají. Výsledky ukazují, že želvy a želvy našly celou řadu řešení tohoto problému. Problém je, že většina želvích krunýřů je pevná a neumožňuje takový typ expanze a kontrakce, jaký používají ostatní plodové vody k ventilaci plic. Některé želvy, jako je například lípa indická (Lissemys punctata), mají svalovou hmotu, která obklopuje plíce. Když se stáhne, může želva vydechnout. V klidu může želva zatáhnout končetiny do tělní dutiny a vytlačit vzduch z plic. Když želva protáhne končetiny, sníží se tlak uvnitř plic a želva může nasát vzduch. Želví plíce jsou připojeny k vnitřní straně horní části krunýře (krunýře), přičemž spodní část plic je připojena (přes pojivovou tkáň) ke zbytku vnitřností. Pomocí řady speciálních svalů (zhruba ekvivalentních bránici) jsou želvy schopny tlačit své vnitřnosti nahoru a dolů, což vede k efektivnímu dýchání, protože mnoho těchto svalů má záchytné body ve spojení s předními končetinami (skutečně, mnoho svalů se během kontrakce roztáhne do kapsiček končetin). Dýchání během pohybu bylo zkoumáno u tří druhů a vykazují různé vzorce. Dospělé samice želvy zelené nedýchají, když se pohybují po svých plážích pro hnízdění. Zadržují dech během pozemního pohybu a dýchají v záchvatech, když odpočívají. Severoamerické želvy krabicové dýchají během pohybu nepřetržitě a ventilační cyklus není koordinován s pohyby končetin (Landberg a kol., 2003). Pravděpodobně používají své břišní svaly k dýchání během pohybu. Posledním zkoumaným druhem jsou ušatí klouzci, kteří během pohybu také dýchají, ale během pohybu dýchají méně než během malých pauz mezi pohyby po lokomotivě, což naznačuje, že může docházet k mechanické interferenci mezi pohyby končetin a dýchacím přístrojem. Rovněž bylo pozorováno, že krabicovité želvy dýchají, když jsou zcela uzavřeny uvnitř svých krunýřů (tamtéž).
Většina plazů postrádá druhotné patro, což znamená, že při polykání musí zadržet dech. Krokodýli si vyvinuli kostnaté druhotné patro, které jim umožňuje pokračovat v dýchání, zatímco zůstávají ponořeni (a chrání jejich mozek před nakopnutím bojující kořistí). Kůže (čeleď Scincidae) si také vyvinula kostnaté druhotné patro, a to v různé míře. Hadi zvolili jiný přístup a místo toho si prodloužili průdušnici. Jejich prodloužení průdušnice trčí ven jako masité stéblo a umožňuje těmto zvířatům spolknout velkou kořist, aniž by trpěla udušením.