Reprogramování se týká vymazání a znovuobnovení metylace DNA během vývoje savců. Po oplodnění některé buňky nově vzniklého embrya migrují do zárodečného hřebene a nakonec se stanou zárodečnými buňkami (spermiemi a oocyty). Vzhledem k fenoménu genomického imprintingu jsou mateřské a otcovské genomy diferenciálně označeny a musí být správně přeprogramovány pokaždé, když procházejí zárodečnou linií. Proto musí být během procesu gametogeneze prvotní zárodečné buňky vymazány a znovu vytvořeny původní biparentální metylační vzorce DNA na základě pohlaví přenášejícího rodiče.
Po oplodnění jsou otcovské a mateřské genomy opět demetylovány a remetylovány (s výjimkou diferenciálně metylovaných oblastí spojených s vtištěnými geny). Toto přeprogramování je pravděpodobně nutné pro totipotenci nově vzniklého embrya a vymazání získaných epigenetických změn. Bylo prokázáno, že in vitro manipulace s preimplantačními embryi narušuje metalyzační vzorce na vtištěných lokusech a hraje zásadní roli u klonovaných zvířat.