Opakovaná sekvence DNA nebo opakující se DNAi jakýkoli segment DNA obsahující duplicitní sekvence párů bází. Tyto sekvence mohou být krátké (řekněme 10 párů bází dlouhé) a rozšířené o stovky opakovaných párů bází. Většina opakování nekóduje proteiny, ale nachází se mezi tzv. junk DNA.
Při studiu sekvencí DNA lze rozlišit dva hlavní typy opakovaných sekvencí:
U primátů je většina LINEs LINE-1 a většina SINEs jsou Alu.
V prokaryotech jsou CRISPR pole střídavých opakování a mezer.
Poznámka: Následující jsou podrobně popsány v „Výpočetní technika pro srovnávací mikrobiální genomiku“.