Alexej Jakovlevič Koževnikov (1836 – 23. října 1902) byl ruský neurolog a psychiatr, rodák z Rjazaně.
V letech 1853 až 1858 studoval medicínu na Moskevské univerzitě a dále se vzdělával v Německu, Švýcarsku, Anglii a Francii. V laboratoři Jeana Martina Charcota v Paříži provedl důležité patologické korelace při studiu amyotrofické laterální sklerózy (ALS). V roce 1869 se vrátil do Moskvy, kde pracoval v Novo-Ekaterininské nemocnici a přednášel o neurologických a psychiatrických chorobách. V letech 1870-1884 vedl kliniku neurologických chorob a v roce 1873 se stal mimořádným profesorem.
V roce 1880 získal Koževnikov na Moskevské univerzitě katedru speciální patologie a terapie a v roce 1886 založil univerzitní psychiatrickou kliniku. V roce 1890 založil Moskevskou společnost neuropatologů a psychiatrů.
Koževnikov byl průkopníkem ruské psychiatrie a zastáncem humánního zacházení s duševně nemocnými. Jeho jméno je propůjčeno stejnojmenné „Koževnikovově epilepsii“, známé také jako epilepsia continua, což je epilepsie charakterizovaná téměř nepřetržitými, rytmickými svalovými stahy, které postihují omezenou část těla. Podal komplexní popis progresivní familiární spastické diplegie a přispěl k neuropatologickému studiu nukleární oftalmoplegie a astenické bulbární paralýzy.
Mezi jeho žáky a asistenty patřili Sergej Korsakov (1853-1900), Grigorij Ivanovič Rossolimo (1860-1928), Liverij Osipovič Darkševič (1858-1925), Vladimir Karlovič Roth (1848-1916) a Lazar Salomonovič Minor (1855-1942).