Anglický psychoanalytik John Carl Flügel se narodil 13. června 1884 v Londýně.
Flügelův otec byl Němec, matka Angličanka a rodina měla také úzké vazby na Francii, takže se Flügel během dospívání naučil všechny tři jazyky.
V roce 1913 se oženil s Ingeborg Klingbergovou, která se rovněž stala psychoanalytičkou. Měli spolu jednu dceru.
Kvůli vrozené vadě nohou však neprošel běžným středoškolským vzděláním. V pouhých 17 letech navštěvoval Oxfordskou univerzitu, kde studoval filozofii, zajímal se o hypnózu a stal se členem Společnosti pro psychický výzkum Fredericka Myerse. Na Oxfordu získal doktorát z filozofie a na Londýnské univerzitě doktorát věd,
Zůstal na Londýnské univerzitě a v letech 1929-1944 vyučoval jako pomocný profesor v laboratoři experimentální psychologie.
Byl čestným členem Britské psychologické společnosti a čestným členem Indické psychologické asociace, v roce 1948 byl předsedou programového výboru Mezinárodního kongresu o duševním zdraví a v roce 1950 předsedou psychologické sekce Britské lékařské asociace.
V letech 1911-1920 byl Flügel čestným tajemníkem Britské psychologické společnosti, v letech 1911-1932 jejím čestným knihovníkem a v letech 1932-1935 jejím prezidentem. Během první světové války se zasloužil o řadu významných příspěvků této společnosti.
Po absolvování psychoanalýzy u Ernesta Jonese se oba spřátelili a Flügel se v roce 1919 zapojil do obnovení Britské psychoanalytické společnosti. V letech 1919-1924 byl také tajemníkem Mezinárodní psychoanalytické asociace a spolu s Ernestem Jonesem se v roce 1920 podílel na založení Mezinárodního psychoanalytického časopisu. Podílel se také na překladu Vorlesungen (Úvodní přednášky o psychoanalýze; 1916-1917a [1915-1917]) Sigmunda Freuda.
V roce 1932 byl zvolen předsedou Britské psychologické společnosti.
Flüge zemřel 17. srpna 1955 v Londýně.