Kandidátský gen je gen, který se nachází v oblasti chromozomů, u něhož existuje podezření, že se podílí na projevu určité vlastnosti, jako je nemoc, z jehož bílkovinného produktu vyplývá, že by se mohlo jednat o dotyčný gen. Kandidátský gen lze rovněž identifikovat spojením s fenotypem a analýzou vazeb na určitou oblast genomu.
Populární způsob identifikace kandidátských genů je pomocí mikročipů, což umožňuje výzkumníkovi analyzovat úrovně exprese specifických genů v případové kontrolní studii, proto pokud je gen v nemoci dysregulován, může být identifikován pomocí mikročipů. Nicméně mikročipy mají své slabiny, protože identifikují veškerou expresi v buňce a mohly by vykazovat expresi genu, který je způsoben nemocí spíše než její příčinou.