Endokrinní chirurgie je chirurgický zákrok, který se provádí za účelem dosažení hormonálního nebo protihormonálního účinku v těle.
Chirurgické postupy k odstranění tkání produkujících hormony patří mezi první pokusy o endokrinní terapii rakoviny (např. ooforektomie nebo adrenalektomie u rakoviny prsu, orchiektomie u rakoviny prostaty). Radioterapie, zaměřená na orgány produkující hormony (např. vaječníky), se používá k potlačení produkce hormonů u pacientů, kteří nebyli považováni za kandidáty na chirurgický zákrok. Nejčastější operací je tyreoidektomie.
Použití léků k potlačení produkce hormonů nahradilo chirurgické přístupy k endokrinní terapii karcinomu prsu. Nicméně orchiektomie zůstává společným přístupem k hormonální léčbě karcinomu prostaty kvůli jednoduchosti zákroku, jeho okamžitému účinku a nedostatku vedlejších účinků spojených s léky používanými k dosažení stejné hormonální suprese.
Endokrinní chirurgie může mít za následek endokrinní poruchy.