Organismus (v řečtině organon = nástroj) je v biologii a ekologii složitý adaptivní systém orgánů, které se vzájemně ovlivňují tak, že fungují jako víceméně stabilní celek a mají vlastnosti života.
Původ života a vztahy mezi jeho hlavními rodokmeny jsou kontroverzní. Lze rozlišit dva hlavní stupně, prokaryota a eukaryota. Obecně se má za to, že prokaryota představují dvě samostatné domény, nazývané Bakterie a Archaea, které k sobě nemají blíže než k eukaryotám. Propast mezi prokaryotami a eukaryotami je všeobecně považována za hlavní chybějící článek v evoluční historii. Dvě eukaryotické organely, jmenovitě mitochondrie a chloroplasty, jsou obecně považovány za odvozené od endosymbiotických bakterií.
Výraz komplexní organismus označuje jakýkoli organismus s více než jednou buňkou.
Organizační terminologie
Viry nejsou obvykle považovány za organismy, protože nejsou schopny samostatné reprodukce nebo metabolismu. Podle Kodexu Spojených států jsou však považovány za mikroorganismy ve smyslu biologické výzbroje a škodlivého použití. Tato polemika je však problematická, protože někteří parazité a endosymbionti také nejsou schopni samostatného života. Ačkoli viry mají enzymy a molekuly charakteristické pro živé organismy, nejsou schopny přežít mimo hostitelskou buňku a většina jejich metabolických procesů vyžaduje hostitele a jeho „genetickou mašinérii“. Původ takových parazitů je nejistý, ale zdá se nejpravděpodobnější, že jsou odvozeny od svého hostitele.
Jedním ze základních parametrů organismu je jeho délka života. Některá zvířata se dožívají jednoho dne, zatímco některé rostliny mohou žít i tisíce let. Stárnutí je důležité při určování délky života většiny organismů, bakterií, virů nebo dokonce prionů.