Taxonomie je věda o klasifikaci. Slovo pochází z řeckého τάξις, taxis, „řád“ + νόμος, nomos, „zákon“ nebo „věda“. Taxonomie neboli taxonomická schémata se skládají z taxonomických jednotek známých jako taxony (v jednotném čísle taxon) neboli druhy věcí, které jsou často uspořádány v hierarchické struktuře, obvykle příbuzné vztahy podtyp-nadtyp, nazývané také vztahy rodič-dítě. V takovém vztahu podtyp-nadtyp má podtyp druhu věci z definice stejná omezení jako nadtyp druhu věci plus jedno nebo více dalších omezení. Například auto je podtypem druhu vozidlo. Každé auto je tedy také vozidlo, ale ne každé vozidlo je auto. Věc tedy musí splňovat více omezení, aby byla autem, než aby byla vozidlem.
Původně se termín taxonomie vztahoval na klasifikaci živých organismů (dnes známou jako alfa taxonomie), nyní se však používá v širším, obecnějším smyslu a může se vztahovat jak na klasifikaci věcí, tak na principy, na nichž je tato klasifikace založena.
Téměř vše – živé i neživé objekty, místa, pojmy, události, vlastnosti a vztahy – lze klasifikovat podle určitého taxonomického schématu.
Termín taxonomie se může vztahovat i na jiná vztahová schémata než hierarchie rodič-dítě, například na síťové struktury s jinými typy vztahů. taxonomie mohou zahrnovat jednotlivé děti s více rodiči, například „auto“ se může objevit s oběma rodiči „vozidlo“ a „ocelové mechanismy“; pro někoho to však znamená pouze to, že „auto“ je součástí několika různých taxonomií.
Taxonomií může být také jednoduché uspořádání druhů věcí do skupin nebo dokonce abecední seznam. Pro takový seznam je však vhodnější termín slovník. V současném použití v rámci „Knowledge Managementu“ jsou taxonomie považovány za méně široké než ontologie, protože ontologie uplatňují větší množství typů vztahů.
Z matematického hlediska je hierarchická taxonomie stromovou strukturou klasifikací pro daný soubor objektů. Nazývá se také hierarchie obsahu. Na vrcholu této struktury je jediná klasifikace, kořenový uzel, který se vztahuje na všechny objekty. Uzly pod tímto kořenem jsou specifičtější klasifikace, které se vztahují na podmnožiny celkového souboru klasifikovaných objektů. Tak například v běžných schématech vědecké klasifikace organismů se kořen nazývá „Organismus“ a za ním následují uzly pro taxonomické stupně: Doména, říše, fylum, třída atd.
Taxonomie a mentální klasifikace
Antropologové si všimli, že taxonomie jsou obecně zakotveny v místních kulturních a sociálních systémech a plní různé sociální funkce. Snad nejznámější a nejvlivnější studií o lidových taxonomiích je práce Émila Durkheima Elementární formy náboženského života. Novější pojednání o lidových taxonomiích (včetně výsledků několika desetiletí empirického výzkumu) a diskusi o jejich vztahu k vědecké taxonomii lze nalézt v knize Scotta Atrana Cognitive Foundations of Natural History. Bylo zjištěno, že lidové taxonomie organismů se z velké části shodují s vědeckou klasifikací, přinejmenším u větších a nápadnějších druhů, což znamená, že není pravda, že by lidové taxonomie byly založeny čistě na utilitárních charakteristikách.
V sedmnáctém století se německý matematik a filozof Gottfried Leibniz v návaznosti na dílo malorského filozofa Ramona Llulla ze třináctého století Ars generalis ultima, systém pro procedurální generování pojmů kombinací pevného souboru myšlenek, pokusil vytvořit abecedu lidského myšlení. Leibniz zamýšlel, že jeho characteristica universalis bude „algebrou“ schopnou vyjádřit veškeré pojmové myšlení. Koncepcí vytvoření takového „univerzálního jazyka“ se v sedmnáctém století často zabýval také anglický filozof John Wilkins ve svém díle An Essay towards a Real Character and a Philosophical Language (1668), z něhož nakonec vychází klasifikační schéma v Rogetově tezauru.
Vztahy Is-a a Has-a
Dva z převládajících typů vztahů v systémech reprezentace znalostí jsou predikace a univerzálně kvantifikovaný kondicionál. Predikační vztahy vyjadřují představu, že jednotlivá entita je příkladem určitého typu (například Jan je starý mládenec), zatímco univerzálně kvantifikované kondicionály vyjadřují představu, že typ je podtypem jiného typu (například Pes je savec).
Zde je uvedena řada taxonomií nebo seznamů významných klinických jevů:
Ve fylogenetické taxonomii (neboli kladistické taxonomii) lze organismy klasifikovat podle kladů, které jsou založeny na evolučním seskupení podle znaků předků. Díky použití kladů jako kritéria pro rozdělení může kladistická taxonomie pomocí kladogramů kategorizovat taxony do neřadových skupin.
V numerické taxonomii nebo taximetrii se obor řešení nebo nejlepšího přizpůsobení numerických rovnic, které charakterizují všechny měřitelné veličiny souboru objektů, nazývá shluková analýza.
Jiné taxonomie, například ty, které analyzovali Durkheim a Lévi-Strauss, se někdy nazývají lidovými taxonomiemi, aby se odlišily od vědeckých taxonomií, které tvrdí, že jsou oddělené od sociálních vztahů, a tudíž objektivní a univerzální.