Selhání vzájemného hodnocení nastává tehdy, když recenzovaný článek obsahuje zjevné zásadní chyby, které podkopávají alespoň jeden z jeho hlavních závěrů, když časopis zveřejňuje známé informace jako nový objev nebo když je důležitá platná práce odmítnuta bez rozmyslu. Retrakce a dopisy editorovi, které opravují zásadní chyby v článcích, jsou běžnými indikacemi selhání vzájemného hodnocení.
Vzájemné hodnocení ve vědeckých časopisech předpokládá, že recenzovaný článek byl napsán poctivě a proces není určen k odhalování podvodů. Recenzenti obvykle nemají plný přístup k údajům, z nichž byl článek napsán, a některé prvky musí být převzaty na základě důvěry. Vzájemné hodnocení se proto nepovažuje za selhání v případech úmyslného podvodu autorů. Obvykle není praktické, aby recenzent reprodukoval autorovu práci, pokud se práce nezabývá čistě teoretickými problémy, které může recenzent krok za krokem sledovat.
Vzájemné hodnocení a plagiátorství
Recenzenti obvykle nemají přístup k nezpracovaným datům, ale vidí úplný text rukopisu a jsou typicky obeznámeni s nedávnými publikacemi v této oblasti. Jsou tak v lepší pozici pro odhalování plagiátorství prózy než podvodných dat. Několik případů takového textového plagiátorství historiků bylo například široce medializováno. Z vědecké strany průzkum mezi 3 247 vědci financovanými americkým Národním ústavem zdraví zjistil, že 0,3% přiznalo falšování dat a 1,4% přiznalo plagiátorství.
4,7% dotázaných se navíc přiznalo k autoplagiátorství, kdy autor znovu zveřejní stejný materiál nebo údaje, aniž by citoval svou dřívější práci. Autoři často autoplagiátorství používají k doplnění svého seznamu publikací. Časopisy a zaměstnavatelé autory za autoplagiátorství často netrestají, ačkoli je to proti pravidlům většiny recenzovaných časopisů, které obvykle vyžadují, aby byly předkládány pouze nepublikované materiály.
Zneužívání důvěrných informací kontrolory
Související formou profesního pochybení, která je někdy uváděna, je recenzent, který používá dosud nezveřejněné informace z rukopisu nebo žádosti o grant pro osobní nebo profesní zisk. Četnost, s jakou se to děje, není známa, ale Úřad Spojených států pro integritu výzkumu sankcionoval recenzenty, kteří byli přistiženi při využívání znalostí, které získali jako recenzenti.
Možnou obranou (pro autory) proti této formě pochybení ze strany recenzentů je předběžné zveřejnění jejich práce ve formě předtiskové nebo technické zprávy o veřejném systému, jako je arXiv. Předtisková zpráva může být později použita ke stanovení priority, i když to porušuje deklarované zásady některých časopisů.
Mnoho časopisů se zabývá neúspěchy recenzí publikováním dopisů, i když některé se rozhodnou tak neučinit. Může být požadováno stažení článku. Autorovi sporného článku je povolena zveřejněná odpověď na kritický dopis. Nicméně ani dopis, ani odpověď nejsou obvykle recenzovány a obvykle autor kritiku vyvrátí. Čtenáři se tak sami rozhodnou, zda k selhání recenzí došlo.