Vzhledem k tajné povaze kultu a k tomu, že mysterijní náboženství pozdní antiky byla od 4. století pronásledována křesťanskou Římskou říší (např. Theodosius I. v roce 392 n. l. dekretem uzavřel eleusijské svatyně), nejsou podrobnosti o těchto náboženských praktikách vědcům známy, i když existují kvalifikované odhady o jejich obecném obsahu.:50f
Justin Mučedník ve 2. století je výslovně zaznamenal a označil za „démonické napodobeniny“ pravé víry a že „ďáblové napodobujíce to, co řekl Mojžíš, tvrdili, že Proserpina je dcerou Jupitera, a podněcovali lid, aby jí postavil obraz pod jménem Kore“ (První apologie). Po celé první až čtvrté století křesťanství přímo soupeřilo o přívržence s mysterijními kulty, neboť „[i] mysterijní kulty [byly] neodmyslitelnou součástí nežidovského horizontu recepce křesťanského poselství“. I ony byly „zahrnuty do procesu inkulturace křesťanství v jeho počáteční fázi“ a „samy k tomuto procesu přispěly“.152 Podle Klaucka a McNeila by „křesťanská nauka o svátostech v podobě, v jaké ji známe, nevznikla bez této interakce; i christologie pochopila, jak ‚převzít‘ mytické dědictví, očistit je a povznést“.153
Výraz „mystérium“ pochází z latinského mysterium, z řeckého mysterion (obvykle jako množné číslo mysteria μυστήρια), v tomto kontextu znamená „tajný obřad nebo učení“. Jedinec, který se takovým „mystériem“ řídil, byl mystes (mystik) „ten, kdo byl zasvěcen“, od myein „uzavřít, zavřít“, což odkazovalo na tajemství (uzavření „očí a úst“:56) nebo na to, že rituály směli sledovat a účastnit se jich pouze zasvěcenci. Mystéria tedy byly kulty, v nichž byly všechny náboženské funkce uzavřeny nezasvěceným a pro něž bylo vnitřní fungování kultu utajeno před širokou veřejností.
Mysterijní náboženství tvoří jeden ze tří typů helénistického náboženství, dalšími jsou císařský kult nebo etnické náboženství národa či státu a filosofická náboženství, například neoplatonismus.
To se odráží i ve Varrově trojdílném rozdělení „teologie“ na teologii občanskou (týkající se státního kultu a jeho stabilizačního vlivu na společnost), přirozenou (filozofické spekulace o povaze božství) a mytickou (týkající se mýtů a rituálů).
Mystéria tak spíše doplňují, než aby konkurovala občanskému náboženství. Jednotlivec mohl snadno dodržovat obřady státního kultu, být zasvěcencem v jednom nebo několika mystériích a zároveň se hlásit k určité filozofické škole.:99
Na rozdíl od veřejných rituálů občanského náboženství, jejichž účast se očekávala od každého člena společnosti, bylo zasvěcení do mystéria v rámci řecko-římského polyteismu nepovinné. V rámci mystéria se opakují mnohé kultovní aspekty veřejného náboženství, oběti, rituální jídla, rituální očisty atd. jen s tím dodatkem, že se odehrávají v utajení, omezeném na uzavřený okruh zasvěcenců:86
To je důležité v kontextu raného pronásledování křesťanů: Křesťanství bylo římským establishmentem považováno za nepřijatelné nikoli na základě svých náboženských zásad nebo kultovní praxe, ale proto, že se první křesťané rozhodli považovat svou novou víru za vylučující účast na císařském kultu, který byl římským establishmentem považován za podvratný.
Mysterijní kulty představovaly prostor pro zachování archaických náboženských rituálů a lze předpokládat, že byly velmi konzervativní. Eleusijská mystéria přetrvala více než jedno tisíciletí, spíše téměř dvě tisíciletí, během nichž se rituál veřejného náboženství výrazně změnil, od archaického kultu doby bronzové až rané doby železné ke kultu hrdinů helénistické civilizace a opět k císařskému kultu doby římské, zatímco rituální představení mystérií se podle všeho nezměnila. „Nejčastěji vystupovali z barbarského podsvětí. Byli neobyčejně vytrvalí. Mystéria v Eleusídě u Athén trvala tisíc let; a je důvod se domnívat, že se za tu dlouhou dobu změnila jen málo. „51 Z tohoto důvodu byly záblesky, které máme o starších řeckých mystériích, Jandou (2000) považovány za odraz určitých archaických aspektů společného indoevropského náboženství, s paralelami zejména v indoíránském náboženství.
Mezi mysterijní kulty řecko-římského starověku patří eleusínská mystéria, dionýská mystéria a orfická mystéria. Některá z mnoha božstev, která Římané nominálně převzali z jiných kultur, začala být také uctívána v mystériích, tak například egyptská Isis, perská mithrajská mystéria, thrácký/frygický Sabazius a frygická Kybelé:21