Byl badatelem o povaze vědomí pomocí především izolačních nádrží, delfíní komunikace a psychedelických drog, někdy v kombinaci.
Lilly byl lékař a psychoanalytik. Přispíval v oblastech biofyziky, neurofyziologie, elektroniky, informatiky a neuroanatomie. Vynalezl a propagoval použití izolační nádrže jako prostředku smyslové deprivace. Pokusil se také o mezidruhovou komunikaci mezi lidmi a delfíny. Jeho práce pomohla vzniku amerického zákona na ochranu mořských savců.
Jeho eklektická kariéra začala jako konvenční vědec provádějící výzkum pro univerzity a vládu. Postupně však začal zkoumat nekonvenční témata. Vydal několik knih a měl dva hollywoodské filmy založené částečně na jeho práci.
John Lilly se narodil 6. ledna 1915 v Saint Paul v Minnesotě a projevil raný zájem o vědecké experimenty.
Vystudoval fyziku a biologii na California Institute of Technology, promoval v roce 1938. Vystudoval medicínu na Dartmouth Medical School a v roce 1942 získal lékařský titul na University of Pennsylvania.
Během druhé světové války se zabýval fyziologií létání ve vysokých výškách a vynalezl přístroje pro měření tlaku plynu.
Po válce se vyučil v psychoanalýze a na Pensylvánské univerzitě, kde začal zkoumat fyzické struktury mozku a vědomí. V roce 1951 publikoval práci, která ukazovala, jak by mohl zobrazit vzorce mozkové elektrické aktivity na obrazovce katodových paprsků pomocí elektrod, které vymyslel speciálně pro vložení do živého mozku.
Allen Ginsberg, Timothy Leary a John C. Lilly v roce 1991
Vývoj nádrže senzorické deprivace
V roce 1953 začal studovat neurofyziologii u US Public Health Service Commissioned Officers Corps. V NIMH v roce 1954, s touhou izolovat mozek od vnější stimulace, vymyslel první izolační nádrž, tmavou zvukotěsnou nádrž s teplou slanou vodou, ve které se subjekty mohly dlouhodobě vznášet ve smyslové izolaci. Lilly a jeden výzkumný kolega byli prvními subjekty tohoto výzkumu.
Později studoval další savce s velkým mozkem a koncem 50. let založil zařízení zaměřené na podporu komunikace mezi lidmi a delfíny: Institut pro výzkum komunikace na Svatém Tomášovi na Panenských ostrovech. Během počátku 60. let Lilly a jeho spolupracovníci publikovali několik prací, které uváděly, že delfíni mohou napodobovat lidské vzory řeči. Následné výzkumy poznávání delfínů obecně však zjistily, že je obtížné jeho výsledky napodobit.[citace nutná]
Lilly se zajímala o projekt SETI (Search for Extra-Terrestrial Intelligence). V roce 1961 se skupina vědců včetně Lilly sešla v Green Bank Observatory, aby diskutovali o možnosti využití technik radioastronomie k detekci důkazů o inteligentním životě mimo naši Sluneční soustavu. Sami sebe nazvali Řád delfína podle práce Lilly s delfíny. Vyvinuli Drakeovu rovnici k odhadu počtu mimozemských civilizací v naší galaxii.
Zkoumání lidského vědomí
Na počátku šedesátých let byl seznámen s psychedelickými drogami jako je LSD a (později) ketamin a zahájil sérii experimentů, při kterých požil psychedelickou drogu buď v izolační nádrži nebo ve společnosti delfínů. Tyto události jsou popsány v jeho knihách Programování a metaprogramování v lidském biopočítači: Teorie a experimenty a Centrum cyklónu, obě vydané v roce 1972. Na radu Ram Dasse, Lilly studoval Patanjaliho systém jógy (nález I. K. Taimniho Věda o józe, modernizovaná interpretace sanskrtského textu, nejvhodnější pro jeho cíle). Věnoval také zvláštní pozornost meditaci sebedotazování, kterou prosazoval Sri Ramana Maharshi, a přeformuloval principy tohoto cvičení s odkazem na jeho lidské biopočítačové paradigma (popsané v Programování a metaprogramování v lidském biopočítači: Teorie a experimenty a Centrum cyklónu).
Později odcestoval do Chile a trénoval s duchovním vůdcem Oscarem Ichazem (jehož postoj k průzkumu metafyzického vědomí Lilly charakterizoval jako „empirický“ ve své knize The Center of the Cyclone). Lilly tvrdil, že během svého tréninku dosáhl maximálního stupně vědomí Satori-Samadhi.
Celkem vydal 19 knih, včetně The Center of the Cyclone, který popisuje jeho vlastní LSD zážitky, a Man and Dolphin a The Mind of the Dolphin, které popisují jeho práci s delfíny.
V polovině a na konci 70. let byl poradcem filmaře George Lucase.[citace nutná]
V 80. letech řídil projekt, který se snažil naučit delfíny počítačově syntetizovaný jazyk. Lilly navrhl budoucí „komunikační laboratoř“, která by byla plovoucím obývacím pokojem, kde by si lidé a delfíni mohli povídat jako sobě rovní a kde by vyvinuli společný jazyk.
Představoval si dobu, kdy veškeré zabíjení velryb a delfínů přestane, „ne z toho, že by byl přijat zákon, ale z toho, že každý člověk vnitřně pochopí, že se jedná o starobylé, vnímající obyvatele Země, s ohromnou inteligencí a obrovskou životní silou. Nikoli někoho, koho by bylo možné zabít, ale od koho by se bylo možné učit.“
V devadesátých letech se Lilly přestěhoval na ostrov Maui na Havaji, kde prožil většinu zbytku svého života.
Jeho literární práva a vědecké objevy vlastnila společnost Human Software, Inc., zatímco jeho filantropické úsilí vlastnila nadace Human Dolphin Foundation. Výzkumný ústav Johna C. Lilly, Inc. pokračuje ve výzkumu témat, která zajímají společnost Lilly.
Solid State Intelligence neboli SSI je zlovolná entita, kterou popsal John C. Lilly (viz The Scientist). Podle Lilly se síť počítačem schopných systémů pevných látek (elektroniky) zkonstruovaných lidmi nakonec vyvine (nebo se již vyvinula) v autonomní formu života. Vzhledem k tomu, že optimální podmínky pro přežití této formy života (nízkoteplotní vakuum) jsou drasticky odlišné od podmínek, které lidé potřebují (vzdušná atmosféra při pokojové teplotě a dostatečný přísun vody), Lilly předpověděl (nebo „prorokoval“, na základě svých ketaminem indukovaných vizí) dramatický konflikt mezi oběma formami inteligence. [citace nutná]
Lillyho práce s delfíny a vývojem nádrže na senzorickou deprivaci je zmiňována ve filmech, hudbě a televizních produkcích. V románu Naslouchači z roku 1972 jsou Lilly a další vědci, kteří byli členy Řádu delfína, zmíněni jako průkopníci v knize Hledání mimozemské inteligence. Ve filmu Den delfína z roku 1973 George C. Scott ztvárnil Lilly-eskního vědce, delfínům známého jako „Pa“, který dokázal naučit delfína mluvit elementární angličtinou.
Ve filmu Altered States z roku 1980 se herec William Hurt vrací k opičí formě kombinací požití psychoaktivních látek a poté zažívá následky dlouhodobého obývání komory smyslové deprivace.