Narodil se v srubu na rodinné usedlosti v Montaně, Haley se narodil na středozápadě ve Wyomingu. Jeho rodina se přestěhovala do Berkeley v Kalifornii, když mu byly 4 roky. Po službě v armádním letectvu Spojených států během druhé světové války navštěvoval UCLA, kde získal titul BA v oboru divadelní umění. Během svých vysokoškolských let publikoval Haley krátkou povídku v The New Yorker. Po roce stráveném snahou o kariéru dramatika se vrátil do Kalifornie a získal titul Bachelors of Library Science na Kalifornské univerzitě v Berkeley a poté magisterský titul v oboru komunikace na Stanfordově univerzitě. Jay se poprvé oženil v roce 1950 a se svou ženou Elizabeth měl tři děti, Kathleen, Gregoryho a Andrewa.
Během studia na Stanfordu se Haley setkal s antropologem Gregorym Batesonem, který ho pozval, aby se připojil k výzkumnému projektu v oblasti komunikace, který později vešel ve známost jako The Bateson Project, spolupráce, která se stala jedním z hnacích faktorů při vytváření rodinné terapie a která publikovala jeden z nejdůležitějších dokumentů v historii rodinné terapie s názvem „Towards a Theory of Schizophrenia“. Ústředními členy tohoto projektu byli Gregory Bateson, Donald deAvila Jackson, Jay Haley, John Weakland a Bill Fry.
Kromě své osobní účasti na zrodu a vývoji rodinné terapie byl Jay v 50. a počátkem 60. let pozorovatelem psychoterapie. Projekt Bateson zařídil, aby Jay a John Weaklandovi pozorovali a nahrávali kliniky včetně Miltona Ericksona, Josepha Wolpeho, Johna Rosena, Dona Jacksona, Charlese Fulweilera, Friedy Fromm-Reichmannové a dalších.
V roce 1962, když pracoval v Ústavu pro výzkum duševních poruch v Palo Alto, se Jay stal zakládajícím redaktorem rodinného terapeutického časopisu Family Process (za asistence jeho první manželky Elizabeth Haley, zkušené novinářky). Zatímco na magnetické rezonanci Jay pokračoval v profesionálním vztahu s Miltonem Ericksonem, který byl navázán v prvních letech Batesonova projektu. Jay pomohl představit Ericksona klinické veřejnosti tak důležitými knihami, jako je Uncommon Therapy.
Haley se přestěhoval do Philadelphie v polovině šedesátých let, aby přijal místo na Philadelphia Child Guidance Clinic. Díky spolupráci se Salvadorem Minuchinem a Brauliem Montalvem Jay ovlivnil (a byl ovlivněn) vývoj strukturální rodinné terapie na začátku sedmdesátých let.
Poté, co v roce 1976 založil s druhou manželkou Cloe Madanesovou Institut rodinné terapie ve Washingtonu DC, byl Haley nadále ústřední silou ve vývoji strategické rodinné terapie. Mezi jeho publikace z let strávených v Institutu rodinné terapie patří jedna z nejvlivnějších nejprodávanějších knih v oboru, Problem Solving Therapy.
Po odchodu z Institutu rodinné terapie v 90. letech se Jay přestěhoval do oblasti San Diega a ve spolupráci se svou třetí ženou Madeleine Richeport-Haley natočil řadu filmů týkajících se antropologie i psychoterapie. Madeleine také spolupracovala na napsání Jayovy poslední knihy Směrnice rodinná terapie. V době své smrti byl také Scholar In Residence na California School of Professional Psychology na Alliant International University.
Haley kombinoval systémové chápání lidských problémů a silných stránek s pragmatickým přístupem k intervenci. Jeho metoda terapie – tvrdil, že nemá teorii terapie – klade důraz na kreativní a někdy provokativní instrukce, na které mohou klienti reagovat. Přístup klade důraz na pečlivé uzavírání smluv mezi klienty a terapeutem, experimentování s možnými řešeními (způsobem někdy inspirovaným terapeutem a někdy inspirovaným klientem), přezkoumání výsledků a informované obnovení experimentování, dokud není dosaženo cíle terapie. V šedesátých a sedmdesátých letech, kdy převládaly psychodynamické přístupy k terapii, byla taková praktičnost běžně považována za kacířskou. Zdůrazňování zde a nyní Haleyho a dalších z jeho generace pragmatických praktiků je dnes normou pro oblast psychoterapie.