Chemoafinitní hypotéza uvádí, že neurony navazují spojení se svými cíli na základě interakcí se specifickými molekulárními markery, a proto je počáteční schéma zapojení organismu (nepřímo) určeno jeho genotypem. Markery vznikají během buněčné diferenciace a pomáhají nejen se synaptogenezí, ale fungují také jako vodítka pro jejich příslušné axony.
Sperry dospěl k závěru, že každý jednotlivý optický nerv a tektální neuron používal nějakou formu chemického markeru, který diktoval jejich konektivitu během vývoje. Odůvodnil to tím, že když bylo oko otočeno, každé optické vlákno a každý tektální neuron měly cytochemické popisky, které jedinečně označovaly jejich typ a polohu neuronu a že optická vlákna mohla tyto popisky využívat k selektivní navigaci k jejich odpovídající cílové buňce, proto ta porucha vizuomotoriky.