V biologii lze kmen použít třemi způsoby.
Kmen je genetická varianta nebo podtyp viru nebo bakterie. Například „chřipkový kmen“ je určitá biologická forma chřipkového viru. Srovnejte kmen.
Kmen se někdy používá pro označení skupiny rostlin s podobným (ale ne stejným) vzhledem a/nebo vlastnostmi. Tento termín nemá žádný oficiální status.
Kmen myší nebo potkanů je skupina zvířat, která je geneticky jednotná. Kmeny se používají v laboratorních pokusech. Kmeny myší mohou být inbrední, mutantní nebo geneticky upravené, kmeny potkanů jsou obvykle inbrední.