Původně vystudovaný stavební inženýr přešel k lékařské profesi, titul získal na univerzitě v Paříži v roce 1868. Po ukončení studia odcestoval do Berlína a studoval u Albrechta von Graefeho (1828-1870). Během francouzsko-pruské války sloužil jako lékařský důstojník. V roce 1878 otevřel oftalmologickou laboratoř na Sorbonně a byl jejím ředitelem až do roku 1900.
Se svým studentem Hjalmarem Augustem Schiøtzem (1850-1927) sestrojil raný keratometr, známý také jako Javal Schiötz Oftalmometr. Tento přístroj se používá k měření zakřivení povrchu rohovky oka, stejně jako k určení rozsahu a osy astigmatismu. Javal také významně přispěl v souvislosti se studiem očního sledování a se svým asistentem Mariusem Hansem Erikem Tscherningem (1854-1939) prováděl studie optiky a astigmatismu.
Javal byl první, kdo popsal pohyby očí během čtení na konci 19. století. Uváděl, že oči se nepohybují nepřetržitě po linii textu, ale dělají krátké rychlé pohyby (sakády) proložené krátkými zarážkami (fixacemi). Javalovo pozorování bylo charakterizováno spoléháním se na pozorování pohybu očí pouhým okem při absenci technologie.
Javalův zájem o strabismus byl způsoben poruchou, která postihla jeho otce a sestru. Javal sám měl heterochromii. Ve středním věku se u Javala rozvinul glaukom a v roce 1900 už byl úplně slepý. Byl přítelem Ludwika Łazarze Zamenhofa (1859-1917), vynálezce esperanta, a zdůrazňoval, jak je důležité, aby se tento jazyk učili i nevidomí. Kromě toho se zabýval otázkami sociální reformy, jako je vzdělání a poměry kolem chudých. Dnes je „Stříbrné vyznamenání Ludvíka Emila Javala“ vydáváno Mezinárodní oftalmologickou radou pro kontaktní čočky.