Jádro raphe obscurus má navzdory důsledkům svého názvu některé velmi specifické funkce a spojení aferentní a eferentní povahy. Raphe obscurus se promítá do mozečkových laloků VI a VII a do crus II spolu s jádrem raphe pontis .
Toto tzv. obskurní jádro bylo také zapleteno do modulace hypoglosálního nervu. Bylo pozorováno, že ablace tohoto jádra způsobuje změnu způsobu vypalování v XII nervu .
Kromě toho, raphe obscurus zprostředkovává expiraci přes inhibiční účinek serotoninu a snižuje periodické synaptické potenciály . Bylo také prokázáno, že toto jádro stimuluje gastrointestinální motorické funkce; mikroinjekce 5-HT do n.r. obscurus zvyšují žaludeční pohyby .
Trigeminal lemniscus (Dorsal trigeminal tract, Ventral trigeminal tract)
kraniální jádra: GSA: Principal V/Spinal V – VIII-c (Dorsal, Anterior)/VIII-v (Lateral, Superior, Medial, Inferior) – SVE: Motor V – VII – GSE: VI – GVE: VII: Superior salivary nucleus
MLF, III, IV a VI (vestibulooculomotorová vlákna, mediální vestibulospinální trakt)
senzorické/vzestupné: Trapezoid body/VIII – Superior olivary nucleus
Inferior cerebellar peduncle (Vestibulocerebellar tract)
motor/sestup: Apneustické centrum • Pneumotaxické centrum (středové parabrachiální jádro) – Laterální parabrachiální jádro
Střední mozečková vlákna (Pontocerebellar fibers) – Pontinský nukleimotor/sestupný: Kortikospinální trakt – Kortikobulbarový trakt – Kortikopontinová vlákna
Retikulární formace (Caudal, Oral, Tegmental, Paramedian) • Raphe nuclei (Median)
povrch: Zadní medián sulcus – Postero-laterální sulcus – Area postrema
lebeční jádra: GVA: VII,IX,X: Solitární/traktální • SVA: Gustární jádro • GSE: XII • GVE: IX,X,XI: Ambiguus • SVE: X: Dorzální • IX: Dolní slinné jádro – MLF, III, IV a VI
senzorické/vzestupné: Gracile nucleus • Cuneate nucleus (Accessory cuneate nucleus) • Senzorické decussation • Medial lemniscus
motor/sestup: dorzální respirační skupina
motorický/sestupný: Ventrální respirační skupina – pyramida (motorická decuszace) – jádro spodní olivary (Olivocerebellární trakt, Rubro-olivary trakt)povrch: Přední střední trhlina – Antero-laterální sulcus – jádro meduly obloukové – Olivární těleso
Retikulární formace (Gigantocellular, Parvocellular, Ventral, Lateral, Paramedian) • Raphe nuclei (Obscurus, Magnus, Pallidus)