Genetická vzdálenost je míra rozdílnosti genetického materiálu mezi různými druhy nebo jedinci stejného druhu.
Celý dnešní život je založen na molekule dědičnosti, DNA (deoxyribonukleové kyselině). Molekuly DNA jsou dvojitá šroubovice, podobná spirálovému schodišti, ve kterém jsou páteřní strany složeny ze střídajícího se pětiuhlíkatého deoxyribosového cukru a molekuly fosfátu, zatímco „příčky“ schodiště jsou dusíkaté purinové a pyrimidinové báze. Těmito bázemi jsou adenin (A), který se vždy spáruje s thyminem (T), a guanin (G), který se vždy spáruje s cytosinem (C). Je to sekvence těchto bází na šroubovici, (např. ATTTCGCCAAG), která se kopíruje a předává potomkům v buněčné reprodukci.
Porovnáním procentuálního rozdílu mezi stejnými geny nebo junk DNA různých druhů lze získat údaj, který je měřítkem „genetické vzdálenosti“. V závislosti na rozdílu a korekci podle známých rychlostí evoluce lze genetickou vzdálenost použít jako nástroj pro konstrukci cladogramů ukazujících rodokmen všech živých bytostí.
Například skutečnost, že genetická vzdálenost šimpanzů a lidí je pouze 1,6% (jsou přibližně z 98,4% identičtí), naznačuje, že lidské bytosti a šimpanzi měli společného předka naposledy asi před 5 miliony let a že šimpanzi a lidé jsou příbuznější než kterýkoli z obou druhů jsou příbuzní s gorilami a orangutany (kteří se rozcházeli asi před 9 miliony let, respektive před 12 miliony let).
Existuje několik různých metod pro definování genetické vzdálenosti. Jedna míra genetické vzdálenosti je dána vzorcem D=−log(In). Hodnota In se nazývá „genetická identita“ nebo „genetická podobnost“ a je definována jako In=ΣI÷#loci, kde I=(Σ Pix•Piy)÷[(ΣPix²)·( ΣPiy²)]½.
Pix je podíl alely i v populaci X, Piy je podíl alely i v populaci Y.