Ve fylogenetice se o skupině organismů říká, že jsou parafyletické (řecky para = blízko a phyle = rasa), pokud skupina obsahuje svého posledního společného předka, ale neobsahuje všechny potomky tohoto předka.
Plazi jsou parafyletická skupina. Skupina může být monofyletická zahrnutím ptáků (Aves).
Opak – skupiny, které zahrnují všechny potomky posledního společného předka – jsou prý monofyletické.
Někdy se používá termín holofyletická. Technicky vzato nejsou tyto dva termíny zcela ekvivalentní: původně byla monofyletická skupina jednoduše skupinou zahrnující nejnovějšího společného předka svých členů (řecký monos = jeden) a byla by tedy buď monofyletická nebo parafyletická v moderním smyslu; zatímco holofyletická skupina zahrnovala všechny potomky nejnovějšího společného předka (řecký holos = celek), byla tedy monofyletická v moderním smyslu. Ve skutečné praxi však monofyletická ztratila tento původní význam a vytlačila holofyletickou, která se většinou přestala používat.
Technicky je parafyletická skupina v původním významu slov monofyletická skupina, z níž je vyloučen jeden z kladů, aby tvořil samostatnou skupinu (jako v paradigmatickém příkladu plazů a ptáků, znázorněném na obrázku). Parafyletická skupina může být fixována buď jejím rozšířením a zahrnutím chybějícího kladu, nebo rozdělením na její jednotlivé části.
Skupina, která neobsahuje posledního společného předka svých členů, je prý polyfyletická (řecký polys = many).
Tyto formulace byly vyvinuty během debat v šedesátých a sedmdesátých letech, které doprovázely vzestup kladistiky (klad je termín pro monofyletickou skupinu). Před tímto obdobím bylo rozlišení mezi monofyletickou a polyfyletickou skupinou založeno na zahrnutí nebo vyloučení nejnovějšího společného předka. Bylo však prokázáno, že zahrnutí předků do klasifikace vede k nevyhnutelným logickým nesrovnalostem a v některých školách taxonomie je fylogenetický vzor popsán výhradně na základě vnořených vzorů vztahů sesterské skupiny mezi známými zástupci taxonů bez odkazu na vztahy předků a potomků.
Mnoho starších klasifikací obsahuje parafyletické skupiny, zejména tradiční systémy 2-6 království a klasické dělení obratlovců. Například třída Reptilia, jak je tradičně definována, je parafyletická, protože tato třída vylučuje ptáky (třída Aves), kteří jsou potomky plazů. Parafyletické skupiny jsou často vztyčeny na základě (sym)-plesiomorphies (podobnosti předků) místo (syn)apomorphies (odvozené podobnosti).
Ve většině kladistických škol taxonomie je existence parafyletických skupin v klasifikaci považována za chybu. Některé skupiny v aktuálně přijímaných taxonomiích se mohou později ukázat jako parafyletické, v takovém případě mohou být klasifikace revidovány, aby byly odstraněny. Někteří však mají pocit, že mít parafyletické skupiny je přijatelná oběť, pokud to učiní taxonomii srozumitelnější. Jiní tvrdí, že parafyletické skupiny jsou nezbytné pro komplexní klasifikaci včetně vyhynulých skupin, protože každý druh, rod a tak dále nutně pochází z části jiného. Bylo navrženo, že parafyletické skupiny by měly být povoleny, ale jako takové jasně označeny, například hvězdičkami: Reptilia*. Pro takové skupiny se někdy používá termín „evoluční stupeň“.