Metabolity jsou meziprodukty a produkty metabolismu. Termín metabolit je obvykle omezen na malé molekuly.
Primární metabolit se přímo podílí na normálním růstu, vývoji a reprodukci.
Sekundární metabolit se na těchto procesech přímo nepodílí, ale obvykle má důležitou ekologickou funkci. Příkladem jsou antibiotika a pigmenty.
Metabolomom tvoří velkou síť metabolických reakcí, kde výstupy z jedné enzymatické chemické reakce jsou vstupy do dalších chemických reakcí. Takové systémy byly popsány jako hypercykly.