Obecně se má za to, že fobie vznikají kombinací vnějších událostí a vnitřních predispozic. Martin Seligman ve svém slavném experimentu použil klasické podmiňování ke zjištění fobie z hadů a květin. Výsledky experimentu ukázaly, že k vyvolání nepříznivé reakce na obrázek hada bylo zapotřebí mnohem méně šoků než na obrázek květiny, což vedlo k závěru, že určité objekty mohou mít genetickou predispozici být spojovány se strachem.
Mnoho specifických fobií lze vysledovat zpět k určité spouštěcí události, obvykle traumatickému zážitku v raném věku. Sociální fobie a agorafobie mají složitější příčiny, které v současné době nejsou zcela známy. Předpokládá se, že při vzniku úzkostných poruch, fobií a záchvatů paniky hraje hlavní roli dědičnost, genetika a chemie mozku v kombinaci s životními zkušenostmi.