K léčbě fobií se používají různé metody. Jejich navrhované přínosy se mohou u jednotlivých osob lišit.
Někteří terapeuti používají virtuální realitu nebo obrazová cvičení, aby pacienty znecitlivěli vůči obávané entitě. Jedná se o součásti systematické desenzibilizační terapie.
Přínosná může být kognitivně-behaviorální terapie (KBT). Kognitivně-behaviorální terapie umožňuje pacientovi zpochybnit dysfunkční myšlenky nebo přesvědčení tím, že si uvědomí své vlastní pocity s cílem, aby si pacient uvědomil, že jeho strach je iracionální. CBT může probíhat ve skupinovém prostředí. Postupná desenzibilizační léčba a CBT jsou často úspěšné, pokud je pacient ochoten snášet určité nepohodlí. V jedné klinické studii bylo zjištěno, že 90 % pacientů po úspěšné léčbě CBT již nemá fobické reakce.
Desenzibilizace a přepracování očních pohybů (EMDR) se v recenzovaných klinických studiích ukázala jako účinná metoda při léčbě některých fobií. EMDR se používá hlavně k léčbě posttraumatické stresové poruchy, ale ukázalo se, že je účinná i při zmírňování příznaků fobie po konkrétním traumatu, například strachu ze psů po pokousání psem.
Hypnoterapie ve spojení s neurolingvistickým programováním může být také použita k odstranění asociací, které vyvolávají fobické reakce. Nedostatek výzkumu a vědeckého testování však snižuje její status účinné léčby.
V některých případech fobie mohou pomoci antidepresiva, jako jsou SSRI a MAOI. Benzodiazepiny mohou být užitečné při akutní léčbě závažných příznaků, ale poměr přínosů a rizik je proti jejich dlouhodobému užívání u fobických poruch.
Existují také nové farmakologické přístupy, které se zaměřují na procesy učení a paměti, k nimž dochází během psychoterapie. Bylo například prokázáno, že glukokortikoidy mohou posílit psychoterapii založenou na extinkci.
Údajně je užitečná Technika emoční svobody, psychoterapeutický nástroj alternativní medicíny, který je mainstreamovou medicínou rovněž považován za pseudovědu[cit. potřeba].
Tyto možnosti léčby se vzájemně nevylučují. Terapeut často navrhne více léčebných postupů.