Klad je taxonomická skupina (například jeden z organismů) zahrnující jediného společného předka a všechny potomky tohoto předka. Každá taková skupina je považována za monofyletickou skupinu a může být reprezentována jak fylogenetickou analýzou, jako ve stromovém diagramu, tak kladogramem (viz kladistika), nebo jednoduše jako taxonomická reference.
Uskupení plazů a ptáků je obecně považováno za monofyletické.
Pokud se klad prokáže robustní v alternativních kladistických analýzách za použití různých souborů dat, může být přijat do taxonomie a stát se taxonem. Ne všechny taxony jsou však považovány za klady. Plazi jsou například parafyletickou skupinou, protože nezahrnují aves (ptáky), o kterých se předpokládá, že se také vyvinuli ze společného předka plazů.
V kladistice se říká, že klad, který se nachází v jiném inkluzivnějším kladu, je v tomto kladu „vnořen“. Analýza vnořeného kladu je přínosná v mnoha ohledech. Například umožňuje detekci rozšíření dosahu v izolovaných geografických oblastech.
Fylogenetická nomenklatura je formulována spíše z hlediska evoluce a společného původu než z hlediska typových exemplářů, kategorických hodností a morfologických znaků. Druhé jmenované se nejčastěji používá v kladistické analýze. Názvy taxonů jsou striktně spojeny s topologií fylogenetických stromů a evoluční historií. V taxonomii je každé jméno spojeno s taxonomickou skupinou kladů obsahující společného předka a všechny jeho potomky. Fylogenetická nomenklatura vyřazuje kategorické hodnosti. Problém s hodnostmi je zřejmý, když vezmeme v úvahu rodokmeny a klady biodiverzity. Otázky jako „kolik je tam rodokmenů?“ nebo „kolik je tam kladů?“ se stávají zbytečnými, protože neexistují odpovědi. Jedná se o relativní pojmy, které ilustrují fraktální povahu stromu života a potřebu nechat fylogenetickou hypotézu být středem zájmu, spíše než kategoriemi, když se kvantifikuje biodiverzita. Fylogenetická nomenklatura pomáhá zaměřit se na fylogenetické stromy tím, že nabízí explicitní spojení mezi názvy a částmi druhové historie, tedy rodokmeny.
Tradiční binomická nomenklatura
Ve fylogenetice jsou binomické názvy spojovány se vztahy každého popsaného druhu. To však vytváří problém, protože to vytváří předpoklady o vztazích ohledně popisu identifikace druhu. Naznačuje to, že druhy nebo rody jsou jedinečnou kategorií, a to je v rozporu s myšlenkou rozeznávat pouze rody a linie.
Vztah k parafyletickým a polyfyletickým skupinám
Parafyletická skupina – pokud je Reptilia definována tak, že nezahrnuje Aves.
Polyfyletická skupina – pokud jsou teplokrevná zvířata definována jako skupina.
Skupiny, které nezahrnují všechny potomky posledního společného předka, jsou prý parafyletické. Například, jak ukazuje přilehlý obrázek, plazi jsou parafyletičtí, protože tato skupina vylučuje ptáky. Skupina, která neobsahuje posledního společného předka svých členů, je prý polyfyletická (řecký polys = mnoho). Příkladem polyfyletické skupiny jsou teplokrevná zvířata.
Aby se předešlo nástrahám tradiční linnaejské taxonomie ve fylogenetické nomenklatuře, byly navrženy tři nové metody fylogenetického pojmenování: node-, stem-, and apomorphy-based. V pojmenování založeném na uzlech by jméno taxonu A mohlo odkazovat na nejméně inkluzivní klad obsahující X a Y. V pojmenování založeném na kmenech by A odkazovalo na nejvíce inkluzivní klad obsahující X a Y, ale ne Z. V pojmenování založeném na apomorphy (odvozený rys) by A odkazovalo na klad identifikovaný rysem synapomorfní (sdílení derivace) s rysem v exempláři (taxonu) X. Rozdíly mezi tradičním přístupem a těmito fylogenetickými alternativami se stanou zřejmými, když se změní fylogenetická hypotéza. Srovnání mezi tradičním linnaejským přístupem k nomenklatuře a fylogenetickou alternativou (pojmenování založené na uzlech). Předpokládejme, že vše, co chceme udělat, je dát jméno („A“) kladu obsahujícímu X a Y. V Linnaeanském systému to znamená, že musíme zavést jména pro sesterské taxony, přiřadit všechny taxony do kategorií druh, rod a čeleď, a označit typové druhy. Žádný výslovný odkaz na fylogenezi se neuvádí. Fylogenetická alternativa poskytuje výslovný odkaz na evoluční historii a nic jiného než klad obsahující X a Y nemusí být pojmenováno. Když se změní hypotéza vztahu, fylogenetická alternativa je čistší a jednoznačnější v tom, k čemu se vztahuje.