V populační genetice je genotypová frekvence četnost nebo podíl (tj. 0 < f < 1) genotypů v populaci.
Porovnejte frekvenci alel.
Hardyho-Weinbergův zákon předpovídá za určitých podmínek frekvence genotypů z frekvencí alel, v tomto případě:
Genotypové frekvence lze znázornit pomocí De Finettiho diagramu.