Mikrobiální inteligence (lidově známá jako bakteriální inteligence) je inteligence, kterou vykazují mikroorganismy. Pojem zahrnuje komplexní adaptivní chování, které vykazují jednotlivé buňky, a altruistické a/nebo kooperativní chování v populacích obdobných nebo nepodobných buňkám zprostředkované chemickou signalizací, která indukuje fyziologické nebo behaviorální změny v buňkách a ovlivňuje struktury kolonií.
Komplexní buňky, jako prvoci nebo řasy, vykazují pozoruhodné schopnosti organizovat se v měnících se podmínkách. Budování skořápek pomocí améb odhaluje složitou diskriminaci a manipulační schopnosti, o kterých se obvykle předpokládá, že se vyskytují pouze u mnohobuněčných organismů.
Dokonce i bakterie, které vykazují primitivní chování jako izolované buňky, mohou vykazovat sofistikovanější chování jako populace. Toto chování se vyskytuje u populací jednotlivých druhů nebo u populací smíšených druhů. Příkladem jsou kolonie myxobakterií, snímání kvóra a biofilmy.
Bylo naznačeno, že bakteriální kolonie volně napodobuje biologickou neuronovou síť. Bakterie mohou přijímat vstupy ve formě chemických signálů, zpracovávat je a pak produkovat výstupní chemikálie, které signalizují další bakterie v kolonii.
Mechanismy, které umožňují jednobuněčným organismům koordinovat se v populacích pravděpodobně přenášených v těch liniích, které vyvinuly mnohobuněčnost, a byly kooptovány jako mechanismy pro koordinaci mnohobuněčných organismů.