Kladogram primátů, zobrazující monofylii (opice, ve žluté), parafylii (prosimians, v modré, včetně červené skvrny), a polyfylii (noční aktivní primáti, lorises a tarsiers, v červené).
V běžném kladistickém použití je monofyletická skupina taxon (skupina organismů), který tvoří klad, což znamená, že se skládá z druhu a všech jeho potomků. Termín je synonymem pro neobvyklý termín holofylie. Monofyletické skupiny jsou typicky charakterizovány společnými odvozenými charakteristikami (synapomorfie).
Monofilie je v kontrastu s pojmy parafylie a polyfylie, které jsou nejsnáze pochopitelné z druhého diagramu v tomto článku. V současném použití se parafyletická skupina skládá ze všech potomků možná hypotetického nejbližšího společného předka minus jedna nebo více monofyletických skupin (nejčastěji jedna). Parafyletická skupina je tedy „téměř“ monofyletická (v souladu s významem předpony „para“, tedy „blízko“ nebo „vedle“.) Polyfyletická skupina je jakákoli skupina jiná než monofyletická skupina nebo parafyletická skupina, která stejně jako parafyletická skupina obsahuje pouze některé potomky jejich nejbližšího společného předka, ale na rozdíl od parafyletické skupiny není charakterizována chybějícími potomky tvořícími jednu (nebo více) monofyletických skupin.
Přijetí těchto definic nějakou dobu trvalo. Když se v 60. letech 20. století stala hlavním proudem kladistická myšlenková škola, používalo se několik alternativních definic. Taxonomové skutečně někdy používali pojmy, aniž by je definovali, což vedlo v rané literatuře ke zmatkům, které přetrvávají.
V nejširším měřítku se definice dělí do dvou skupin.
Zprostředkované, a zejména fosilní taxony lze považovat za spadající „těsně mimo“ široce přijímaný taxon. Příkladem jsou velmi tetrapodům podobné fosilní elpistostegalianské ryby Panderichthys a Tiktaalik. Struktura lebky a horních ploutví je velmi podobná jako u prvních tetrapodů, přesto končetiny končily ploutvemi s paprsky ploutví spíše než chodidly s číslicemi. Oba jsou blízko, ale nejsou členy skupiny skládající se ze čtyř obratlovců s nohama. Aby odráželi tuto fylogenetickou blízkost, nazývají se „tetrapodové kmenové skupiny“ nebo jednoduše „tetrapodové kmenoví“ – tj. leží na větvi více příbuzné s rodokmenem, který vedl k tetrapodům rozpoznaným taxonomem, než s jejich nejbližšími žijícími příbuznými, plicníky. Tento koncept uzavírá mezeru mezi taxonomií a kladistikou v širším měřítku, ale je obtížné ho aplikovat v druhovém rozlišení.