V mozku je perforační dráha hlavním vstupem do hipokampu, vzniká většinou v entorhinální kůře a končí v dentate gyrus.
U potkanů procházejí pyramidové a hvězdné buňky ve vrstvě II entorhinální kůry subikulem hipokampu, což dává vzniknout názvu „perforantální dráha“. Tato glutamatergická vlákna tvoří laminární vzor a končí v oblasti dentate gyrus a cornu ammonis 3 (CA3) hipokampu. Vlákna vznikající v postranních částech entorhinální kůry vykazují enkefalinovou imunoreaktivitu, zatímco mediální části zřejmě obsahují cholecystokinin. Pyramidové buňky ve vrstvě III entorhinální kůry navíc posílají topografické projekce podél perforantální dráhy, které se větví do subikula a CA1.
U myší vychází průmět na CA3, CA1 a subikulum primárně z EC vrstvy III.