Techniky anterográdního a retrográdního sledování umožňují podrobný popis projekcí neuronů z jedné populace neuronů k jejich různým cílům v celém nervovém systému. Tyto techniky umožňují „mapování“ spojení mezi neurony v určité struktuře (např. oko) a cílovými neurony v mozku. Mnoho z toho, co je v současnosti známo o konektivní neuroanatomii, bylo objeveno pomocí technik anterográdního a retrográdního sledování.
Existuje několik metod, jak vysledovat výčnělky pocházející ze somy směrem k jejich cílovým oblastem. Tyto techniky se zpočátku opíraly o přímou fyzickou injekci různých vizualizovatelných stopovacích molekul (např. zeleného fluorescenčního proteinu, lipofilních barviv nebo radioaktivně značených aminokyselin) do mozku. Tyto molekuly jsou absorbovány lokálně somou (buněčným tělem) různých neuronů a transportovány do axonových zakončení, nebo jsou absorbovány axony a transportovány do somy neuronu. Jiné stopovací molekuly umožňují vizualizaci velkých sítí axonových výčnělků sahajících od neuronů vystavených stopovací látce.
Výše uvedené stopovací látky jako GFP a DiI technicky nejsou anterográdní stopovací látky: nepohybují se selektivně určitým směrem a nejsou buňkou aktivně transportovány. Navíc neprocházejí synaptickou štěrbinou, a proto označují pouze neurony, které byly přímo v místě aplikace stopovací látky. Tato barviva se většinou používají jako výplň k označení buněk, které byly zaznamenány pomocí elektrofyziologie: to umožňuje, aby byly zaznamenané buňky morfologicky rekonstruovány i ve 3D.
(viz také trasování virových neuronů)
Za účelem vysledování projekcí z určité oblasti nebo buňky lze lokálně vstříknout genetický konstrukt, virus nebo bílkovinu, poté je umožněn jejich transport anterográdně. Virové stopovací látky mohou procházet synapsí a mohou být použity k vysledování spojení mezi oblastmi mozku napříč mnoha synapsemi. Příklady virů používaných k vysledování anterogrády jsou popsány Kuypersem. Nejznámější jsou virus Herpes simplex typu 1 (HSV) a Rhabdovirusy. HSV byl použit k vysledování spojení mezi mozkem a žaludkem za účelem vyšetření mozkových oblastí zapojených do viscero-senzorického zpracování. Jiná studie použila HSV typu 1 a typu 2 ke zkoumání optické dráhy: vstříknutím viru do oka byla vizualizována dráha ze sítnice do mozku.
Virové stopovací látky využívají receptor na hostitelské buňce, který se na něj naváže, a jsou pak endocytovány. Například HSV využívá nectinový receptor a je pak endocytován. Po endocytóze se z nízkého pH uvnitř vezikuly odstraní obal virionu, po kterém je virus připraven k transportu do buněčného těla. Bylo prokázáno, že pH a endocytóza jsou pro HSV klíčové pro infikování buňky. Bylo prokázáno, že transport virových částic podél axonu závisí na mikrotubulárním cytoskeletu.
Existuje také skupina stopovacích látek, které se skládají z proteinových produktů, které mohou být buňkou vychytány a transportovány přes synapsi do další buňky. Pšeničný aglutinin (WGA) a Phaseolus vulgaris leucoagglutinin jsou nejznámějšími stopovacími látkami, nicméně nejsou přísnými anterográdními stopovacími látkami: zejména WGA je známo, že je transportována anterográdně stejně jako retrográdně. WGA vstupuje do buňky vazbou na oligosacharidy a je pak vychytána endocytózou cestou závislou na kaverolách.
Další anterográdní stopovací látky široce používané v neuroanatomii jsou biotinylované dextranaminy (BDA), také používané v retrográdním značení.