Biologický naturalismus uvádí, že vědomí je funkcí vyšší úrovně fyzických schopností lidského mozku.
Z těchto tezí vyplývá, že vědomé stavy a úmyslnost lze redukovat na přirozené mozkové procesy – jsou způsobeny mozkem a realizovány v něm. Z toho vyplývá, že mozek má správné příčinné schopnosti k vytváření úmyslnosti. Je však třeba poznamenat, že Searleův biologický naturalismus neznamená, že mozek a pouze mozek může vyvolat vědomí. Searle pečlivě poukazuje na to, že i když se zdá, že určité mozkové funkce jsou dostatečné k vytváření vědomých stavů, náš současný stav neurobiologických znalostí nám brání v závěru, že jsou nezbytné k vytváření vědomí.
Searle popírá karteziánský dualismus, myšlenku, že mysl je samostatný druh látky k tělu, protože to odporuje celému našemu chápání fyziky a na rozdíl od Descarta do problému nevnáší Boha. Searle popírá jakýkoliv druh dualismu, tradiční alternativu k monismu, a tvrdí, že rozlišování je omyl. Odmítá myšlenku, že protože mysl není objektivně viditelná, pak není součástí fyziky.
Searle se domnívá, že vědomí „je skutečnou součástí reálného světa a nelze ho eliminovat ve prospěch něčeho jiného nebo na něco jiného redukovat“, ať už je to něco jiného neurologický stav mozku nebo softwarový program. Tvrdí například, že software známý jako Deep Blue neví nic o šachu. Domnívá se také, že vědomí je jak příčinou událostí v těle, tak reakcí na události v těle.
Na druhou stranu, Searle nebere vědomí jako ducha ve stroji. Bere ho spíše jako vznikající vlastnost mozku jako celku (Viz holismus). Příčinná interakce mysli a mozku může být popsána naturalisticky takto: Události na mikro-úrovni (možná na úrovni jednotlivých neuronů) způsobují vědomí. Změny na makro-úrovni (celý mozek) tvoří vědomí. Mikro-změny způsobují a pak jsou ovlivněny holistickými změnami, podobně jako jednotliví fotbalisté způsobují, že tým (jako celek) vyhrává zápasy, což způsobuje, že jednotlivci získávají důvěru z vědomí, že jsou součástí vítězného týmu.
Teorie je někdy mylně chápána jako jakýsi vlastnostní dualismus, protože podle Searleho názoru jsou duševní vlastnosti člověka kategoricky odlišné od jeho mikrofyzikálních vlastností. Ty druhé mají „ontologii třetí osoby“, zatímco ty první mají „ontologii první osoby“. Mikrostruktura je objektivně přístupná jakémukoli počtu lidí, jako když několik mozkových chirurgů zkoumá pacientovy mozkové hemisféry. Ale bolest nebo touha nebo víra jsou subjektivně přístupné osobě, která má bolest nebo touhu nebo víru, a nikdo jiný tento způsob přístupu nemá. Nicméně Searle chápe duševní vlastnosti jako druh fyzické vlastnosti – takové, které mají ontologii první osoby. To tedy odlišuje jeho názor od dualismu fyzických a nefyzických vlastností. Jeho duševní vlastnosti jsou domněle fyzické.
Objevilo se několik důležitých kritik Searlovy myšlenky biologického naturalismu. Jerry Fodor naznačuje, že Searle nám vůbec nevysvětluje, proč přesně věří, že biochemie podobná nebo podobná biochemii lidského mozku je pro záměrnost nepostradatelná. Zdá se mnohem pravděpodobnější předpokládat, myslí si Fodor, že právě způsob, jakým je organismus (nebo jakýkoli jiný systém, když na to přijde) napojen na své prostředí, je nepostradatelný pro vysvětlení záměrnosti. Je snadnější pochopit, jak skutečnost, že moje myšlenka na stůl je kauzálně spojena se stolem, může nést skutečnost, že moje myšlenka je o stole, než to, jak skutečnost, že moje myšlenka je složena z uhlovodíků, může nést skutečnost, že moje myšlenka na stůl je o stole.
Chování experimentálního subjektu je nedotčeno. Mluví stále perfektní čínštinou jako před operací, ale nyní byly kauzální síly jeho neurotransmiettrů nahrazeny někým, kdo čínštině nerozumí. Jde o zobecnitelnou věc: u jakýchkoliv kauzálních sil bude vždy možné je hypoteticky nahradit nějakým druhem Searlova démona, který bude provádět operace mechanicky. Závěr je, že Searlův pohled je nutně dualistický na povahu kauzálních sil, „které nejsou vnitřně spojeny se skutečnými silami fyzických objektů“.