Velmi se zajímal o sny a v roce 1909 publikoval práci, ve které podrobně popsal svůj výzkum hypnagogického stavu (duševního stavu, ve kterém se jedinec nachází mezi bděním a spánkem). Silberer tvrdil, že hypnagogický stav je autosymbolický, což znamená, že obrazy a symboly vnímané v hypnagogickém stavu jsou reprezentativní (tj. symbolické) pro fyzický nebo duševní stav vnímatele. Dospěl k závěru, že k manifestaci autosymbolických jevů jsou zapotřebí dva „antagonistické prvky“: ospalost a snaha přemýšlet.
V roce 1914 Silberer napsal knihu o vztahu mezi moderní psychologií, mysticismem a esoterickými tradicemi (zejména západními, křesťanskými jako je hermetismus, alchymie, rosikrucianismus a svobodné zednářství): Probleme der Mystik und ihrer Symbolik (Problémy mysticismu a jeho symbolismu). Mnohé poznatky, které Silberer nabídl, zejména o vztahu mezi alchymistickou obrazností a moderní psychologií, byly podobné těm, které rozsáhleji rozvinul Carl Jung, což Jung uznal ve své stěžejní práci na toto téma, Psychologii a alchymii. Silbererovu knihu Freud chladně odmítl. Silberer se stal sklíčeným a později spáchal sebevraždu oběšením poté, co byl vyloučen z Freudova okruhu spolupracovníků.
Problémy mystiky a její symbolika
Problémy mysticismu a jeho symbolismu byly Silbererovým magnum opus. Jako východisko si vzal rosicruciánský text známý jako Parabola Alegorie, alchymistické písmo s mnoha paralelami k Chymické svatbě Christiana Rosenkreutze, a zkoumá schopnost freudovské analýzy ji interpretovat. Po provedení podrobné freudovské interpretace alegorie pak Silberer přirovnává tuto metodu k širším symbolickým metodám alchymie, hermetismu, rosicruciánství a dalším mystickým tradicím a textům, jako je Kundaliniho jóga, Bhagavadgíta a spisy anglické mystikyně Jane Leade. Silbererovo vidění je synkretické, rozsah jeho četby je mimořádný, protože sjednocuje esoterické tradice světa do konceptu introverze: sestupu jedince do duše/psychiky, ze které lze čerpat nesmírné psychické a duchovní poklady.
Teze knihy je taková, že zatímco freudovská analýza nám může poskytnout určité poznatky, nezachází dostatečně daleko při interpretaci vnitřních psychologických a duchovních významů našich snů, duševních procesů nebo tvůrčích výstupů – tento názor nakonec převzal i Jung, který uspíšil svůj vlastní následný rozchod s Freudem. Silberer se snaží spojit freudovské myšlenky s mystickými myšlenkovými procesy, aby vytvořil ‚Královské umění‘, které je ve skutečnosti duchovní transmutací duše, jak je předkládáno v různých mystických tradicích světa. Ve velmi reálném smyslu Problémy mystiky a její symbolismus přestává být v jednu chvíli čistě vědeckou prací psychologického studia a stává se sám o sobě dílem mystiky (v závěrečné kapitole Silberer otevřeně hovoří o tom, že ‚zdokonalování [lidstva] je cílem díla). Ve svém svobodném a otevřeném hodnocení esoterických myšlenek jako legitimního vyjádření vnitřního života lidstva – vlastně ve svém nadšení pro mystiku jako hlavní životní úspěch – se nutně neodvolával na Freudův skeptičtější přístup. Ve skutečnosti je v mnoha ohledech překvapivé, že si Silberer myslel, že získá souhlas Freuda tím, že mu dá knihu, která v podstatě celý jeho vědecký systém staví do extrémně kritického světla.
Silberer volně cituje další psychology v knize Problémy mystiky a jejího symbolismu, jako jsou Freud a Jung. Za otevření cesty pro své výzkumy označuje dřívější studie alchymie, například studie spisovatelů 19. století Ethana Allena Hitchcocka a N. Landura.
Silberer příznivě zmiňuje Jungovo pojetí kolektivního nevědomí a souhlasí s Jungem v tom, že lidstvo vlastní ‚paměťovou banku‘ symbolů, které stále hlubokým způsobem rezonují napříč kulturami ve snech, mýtech a imaginativním životě. Jung, jehož vlastní studie a poznatky o alchymii teprve měly přijít, možná oslovil větší publikum; ale Silberer byl prvním z Freudova okruhu, který bral alchymii vážně jako psychologicky zajímavé duchovní hnutí. Stejně jako Silberer uznává Jungovy myšlenky ve své knize, Jung uznává Silbererovu práci o alchymii ve své vlastní významné studii Mysterium Coniunctionis.