Fylogenetické názvosloví je metoda názvosloví taxonů v biologii, která používá fylogenetické definice pro názvy taxonů, jak je vysvětleno níže. To je v kontrastu s tradičním přístupem, kdy jsou názvy taxonů definovány typem a hodností. V současné době není regulován, ale Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury (PhyloCode) jej má upravovat, jakmile bude ratifikován.
V tradičním systému (často nazývaném Linn(a)eanova nomenklatura nebo nomenklatura založená na hodnostech), jak je zaveden v kodexech biologické nomenklatury, které jsou v současné době v platnosti, jsou jména definována typem a hodností.[Jak odkazovat a odkazovat na shrnutí nebo text] Například Tyrannosaurus rex je definován[kým?] jako taxon, který obsahuje CM 9380 (jeho typový exemplář) a má hodnost druhu, Tyrannosaurus je definován jako taxon, který obsahuje T. rex (jeho typový druh) a má hodnost rodu, a Tyrannosauridae je definován jako taxon, který obsahuje Tyrannosaurus (jeho typový rod) a má hodnost čeledi. Jednotlivé hodnosti nejsou definovány (kromě vzájemného vztahu). Hodnost taxonu ovlivňuje jeho název: názvy druhů se musí skládat ze dvou slov, z nichž první je rodové jméno; názvy rodů musí být jednoslovné v jednotném čísle; názvy čeledí se musí skládat ze jména jejich typového rodu a koncovky -idae (zoologie) nebo -aceae (jinde); atd. Když se tedy změní hodnost taxonu (což může udělat každý taxonom), musí se často změnit i název tohoto taxonu, taxonů, které obsahuje, a taxonů, které ho obsahují. Někteří biologové se domnívají, že to je neuspokojivé, protože to vytváří nestabilitu v nomenklatuře, která je způsobena tím, co považují za subjektivní úsudek, nikoliv změnami v našich znalostech fylogeneze. Fylogenetická nomenklatura naproti tomu používá fylogenetické definice k tomu, aby název vázala na klad, taxon sestávající pouze z předka a všech jeho potomků, a to takovým způsobem, že význam názvu je pevně daný při jakékoli fylogenetické hypotéze: volba hypotézy ovlivní, jaké organismy jsou považovány za zahrnuté do pojmenovaného taxonu, ale neovlivní, na jaké organismy se název skutečně vztahuje. Název je nezávislý na revizi teorie.
Fylogenetické definice názvů kladů
Všechny fylogenetické definice názvů kladů vycházejí z definice „klad“: „předek a všichni jeho potomci“. To lze provést různými způsoby, jak je vysvětleno v článku 9 PhyloCode.
1) Předek může být zadán přímo: „X a všichni jeho potomci“, kde X je jedinec, chovný pár, populace, druh nebo jiný taxon. To by se nazývalo definice založená na předcích. Ačkoli se jedná o důležitou teoretickou možnost, ve skutečnosti se o ni pravděpodobně nikdo nepokusil, protože předci naprosté většiny taxonů, které bychom mohli chtít pojmenovat, nejsou známi.
2) Předek může být označen vztahem ke dvěma nebo více specifikátorům, které jsou explicitně uvedeny. To lze provést třemi způsoby, které jsou znázorněny v diagramu:
3) Předek může být označen vztahem ke dvěma nebo více specifikátorům, které nejsou explicitně uvedeny, ale jsou popsány jako příslušníci jiného taxonu, kteří splňují určité kritérium. Takové definice nejprve popisují nepojmenovaný klad a poté používají jeho existující členy jako specifikátory pro definici založenou na uzlech. Příklady jsou např:
Možné jsou i jiné formy fylogenetického vymezení.
Fylogenetické definice názvů para- a polyfyletických taxonů
Každý ze současných kódů má také pravidla, která stanoví, že jména musí mít určité koncovky, pokud jsou použita pro taxony, které mají určité hodnosti. Když taxon změní hodnost z jedné klasifikace na jinou, musí se změnit i koncovka jeho názvu. Ereshefsky (1997:512) uvádí příklad:
Ve fylogenetické nomenklatuře nemají hodnosti žádný vliv na pravopis jmen taxonů (viz např. Gauthier (1994) a PhyloCode). Hodnosti však nejsou ve fylogenetické nomenklatuře zcela zakázány. Jsou pouze odděleny od nomenklatury: nemají vliv na to, které názvy lze používat, které taxony jsou spojeny s kterými názvy a které názvy mohou odkazovat na vnořené taxony (např.).
Vnitřní vágnost definic ve smyslu typů a nedefinovaných řad vedla Laurina (2008) ke srovnání nomenklatury biologických taxonů s nomenklaturami jiných věd a podobných snah, jako je chemie, stratigrafie a geopolitika. Ke stratigrafii Laurin (s. 226) poznamenává:
„Monofyletický fylogenetický strom organismů“.
Fylogenetické názvosloví je nakonec výsledkem Darwinova objevu, že rozmanitost a historii života nejlépe znázorňují stromové diagramy. Tento objev okamžitě vedl ke změnám ve stávajících klasifikacích. Například John Hogg navrhl v roce 1860 termín Protoctista pro organismy, které se nezdály být úzce příbuzné ani živočichům, ani rostlinám. V roce 1866 kontroverzní biolog Ernst Haeckel poprvé zrekonstruoval jediný strom veškerého života (viz obrázek) a okamžitě přistoupil k jeho převedení do klasifikace. Tato klasifikace byla založena na hodnostech, jak bylo v té době obvyklé, ale neobsahovala taxony, které Haeckel považoval za polyfyletické; Haeckel v ní zavedl hodnost phylum, která ve svém názvu nese konotaci monofylie (doslova znamená „kmen“).
Většinu základních principů fylogenetického názvosloví (neexistence povinných řad a něco, co by se blížilo fylogenetickým definicím) však lze vysledovat až do roku 1916, kdy Edwin Goodrich interpretoval název Sauropsida, zavedený o 40 let dříve T. H. Huxleyem, tak, že zahrnuje ptáky (Aves) i část Reptilia, a vytvořil nový název Theropsida, který zahrnuje savce i další část Reptilia. Goodrich jim neudělil žádné hodnosti a zacházel s nimi přesně tak, jako by měly fylogenetické vymezení, přičemž nepoužíval ani obsah, ani diagnostické znaky k rozhodnutí, zda má daný živočich patřit do Theropsida, Sauropsida nebo něčeho jiného, jakmile bylo dohodnuto jeho fylogenetické postavení. Goodrich také vyslovil názor, že název Reptilia by měl být opuštěn, jakmile bude lépe známa fylogeneze plazů. Nedostatečná kompatibilita jeho schématu s existujícími klasifikacemi založenými na hodnostech (navzdory shodě na fylogenezi ve všech ohledech kromě detailů) a neexistence fylogenetické metody v této době jsou nejpravděpodobnějšími důvody, proč byly Goodrichovy návrhy z velké části ignorovány.
V druhé polovině 20. století se prosadila zásada, že formálně pojmenovávat se mají pouze rody. Rozšířila se spolu s metodami objevování kladů (kladistika) a je nedílnou součástí fylogenetické systematiky (viz výše). Současně se ukázalo, že povinné řády, které jsou součástí tradičních nomenklaturních systémů, přinášejí problémy. Někteří autoři navrhovali jejich úplné opuštění, počínaje Willi Hennigem, který opustil svůj dřívější návrh definovat hodnosti jako geologické věkové třídy.
První použití fylogenetické nomenklatury v publikaci lze datovat do roku 1986. Brzy následovaly teoretické práce, které nastínily principy fylogenetické nomenklatury, a další publikace obsahující aplikace fylogenetické nomenklatury (většinou pro obratlovce) (viz oddíl Literatura).
Ve snaze vyhnout se rozkolu v biologické komunitě „Gauthier navrhl dvěma členům ICZN, aby se formální taxonomická jména řízená zoologickým kodexem vztahovala pouze na klany (alespoň u naddruhových taxonů) a aby se upustilo od Linneových řad, ale tito dva členové tyto myšlenky okamžitě odmítli“ (Laurin, 2008: 224). To vedlo Kevina de Queiroze a botanika Philipa Cantina k tomu, že v roce 2000 začali vypracovávat vlastní nomenklaturní kodex, původně nazvaný PhyloCode, pro úpravu fylogenetické nomenklatury.
Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury
ICPN neboli PhyloCode je návrh pravidel a doporučení pro fylogenetickou nomenklaturu.
Počet příznivců širokého přijetí PhyloCode je stále malý a není jisté (od roku 2012), kdy bude kód implementován a jak široce bude dodržován.
Několik zásadních publikací, které nejsou uvedeny v referencích, je zde citováno. Vyčerpávající seznam publikací o fylogenetické nomenklatuře lze nalézt na internetových stránkách Mezinárodní společnosti pro fylogenetickou nomenklaturu.