Propojená repetitivní DNA je formou repetitivní DNA a nachází se ve všech eukaryotických genomech. Určité třídy těchto sekvencí se šíří transpozicí zprostředkovanou RNA a byly nazývány retrotranspozony. Propojené repetitivní prvky DNA umožňují vývoj nových genů. Toho dosahují odpojením podobných sekvencí DNA od genové konverze během meiózy. Rekombinační události meiózy vytvářejí heteroduplexy složené z vláken každého rodičovského chromozomu. Tyto heteroduplexy vedou k záměně oprav. Čistým výsledkem je homogenizace a eliminace sekvenčních rozdílů během meiózy. Na genovou konverzi lze pohlížet jako na sílu působící k vytvoření sekvenční identity uvnitř genofondu druhu. Jedná se o soudržnou sílu působící k vyrovnání sekvencí DNA jednotlivých organismů, které tvoří druh. Ve výsledku genová konverze způsobí, že se sekvence DNA shlukují uvnitř druhu a tím vytvářejí přirozené hranice mezi druhy. Genový fond druhu se skládá ze sekvencí DNA propojených v síti událostmi genové konverze. Prokládaná opakovaná DNA tvoří 25-40% většiny savčích genomů.
Intrakromomální a interkomomální genová konverze
Konverze genů působí na homologii sekvencí DNA jako její substrát. Není požadováno, aby homologie sekvencí ležely na alelických pozicích na svých příslušných chromozomech nebo dokonce, aby homologie ležely na různých chromozomech. Konverze genů může nastat mezi různými členy genové rodiny, která se nachází na stejném chromozomu. Když k tomu dojde, nazývá se to intrachromozomální genová konverze odlišená od mezichromozomální genové konverze. Účinek homogenizace sekvencí DNA je stejný.
Role proložené replikační DNA
Opakované sekvence hrají roli při odpojování sítě genových konverzí, čímž umožňují vývoj nových genů. Kratší Alu nebo SINE repetitivní DNA jsou specializovány na odpojování intrachromozomální genové konverze, zatímco delší LINE repetitivní DNA jsou specializovány na odpojování interchromozomální genové konverze. V obou případech intersperované opakování blokuje genovou konverzi vložením oblastí nehomologie do jinak podobných sekvencí DNA. Homogenizační síly spojující sekvence DNA jsou tím narušeny a sekvence DNA se mohou volně vyvíjet nezávisle. To vede k tvorbě nových genů a nových druhů během evoluce. Přerušením vazeb, které by jinak přepsaly nové variace sekvencí DNA, intersperované opakování katalyzuje evoluci, čímž umožňuje vývoj nových genů a nových druhů.
Mechanismus sekvencí replikační DNA v blokování genové konverze
Propojené prvky DNA katalyzují vývoj nových genů
Sekvence DNA jsou spojeny v genofondu událostmi genové konverze. Vložení prokládaného prvku DNA tuto vazbu přeruší a umožní nezávislou evoluci nového genu. Prokládané opakování je izolační mechanismus umožňující vývoj nových genů bez interference s genem progenitora. Protože vložení prokládaného opakování je solná událost, bude evoluce nového genu také solná. Protože speciace v konečném důsledku závisí na tvorbě nových genů, způsobuje to přirozeně interpunktní rovnováhu. Prokládané opakování je tedy zodpovědné za interpunktní evoluci a rychlé způsoby evoluce.
Vložení prokládané DNA uvolňující genofond