Mateřský efekt je v genetice jev, kdy je genotyp matky vyjádřen ve fenotypu jejího potomstva, nezměněn otcovským genetickým vlivem. Obvykle je to připisováno mateřsky produkovaným molekulám, jako jsou mRNA, které jsou uloženy ve vaječné buňce. Geny účinku matky často ovlivňují rané vývojové procesy, jako je tvorba os.
Tento termín lze také použít k popisu dědičnosti matky, kdy se některý aspekt genotypu potomka dědí výhradně od matky. Často se to přisuzuje dědičnosti mitochondrií nebo plastidů matky, z nichž každá obsahuje svůj vlastní genom. Tento jev je odlišný od prvního jevu, protože v dědičnosti matky fenotyp jedince odráží jeho vlastní genotyp, ne nutně genotyp jeho rodiče.