Hypotéza somatických markerů (SMH) navrhuje mechanismus, kterým mohou emoční procesy řídit (nebo zkreslovat) chování, zejména rozhodování.
Rozhodování v reálném životě obvykle zahrnuje posouzení, pomocí kognitivních a emočních procesů, motivační hodnoty různých akcí dostupných v konkrétních situacích. Často však situace vyžadují rozhodnutí mezi mnoha složitými a protichůdnými alternativami s vysokou mírou nejistoty a nejednoznačnosti. V takových situacích se mohou kognitivní procesy přetížit a nemohou poskytnout informovanou možnost.
V těchto případech (a dalších) mohou somatické markery napomoci rozhodovacímu procesu. V prostředí posilující stimuly navozují přidružený fyziologický afektivní stav. Tyto typy asociací jsou uloženy jako somatické markery, případně v orbitomediální prefrontální kůře mozkové (OMPFC). V budoucích situacích jsou tyto somaticko-markerové asociace fyziologicky obnoveny a zkreslují kognitivní zpracování. V případech, kdy je třeba vybrat složitá a nejistá rozhodnutí, jsou somatické markery ze všech zkušeností s příslušnými stimuly spojených s odměnou a trestem shrnuty do čistého somatického stavu. Tento celkový stav se používá k řízení (nebo zkreslení) výběru vhodné akce. K tomuto zkreslujícímu procesu může dojít skrytě (nevědomě), prostřednictvím mozkového kmene a ventrálního striatu, nebo otevřeně (vědomě) zapojením kognitivního zpracování s vyšší kortikální kůrou. Somatické markery jsou navrženy tak, aby směřovaly pozornost k nejpřínosnějším možnostem, což zjednodušuje rozhodovací proces.
Ve snaze vytvořit jednoduchý neuropsychologický nástroj, který by adekvátně vyhodnotil zjevné nedostatky v emocionálním zpracování, rozhodování a sociálních dovednostech poraněných jedinců OMPFC Bechara a kol. 1994 vytvořili úkol Iowa gambling. Jejich cílem bylo vytvořit „[a] úkol, který v reálném čase simuluje osobní rozhodování v reálném životě ve vztahu ke způsobu, jakým zohledňuje nejistotu prostor a výsledků, jakož i odměnu a trest“ (str. 8). Úkol měří formu učení, která byla definována jako učení založené na emocích. Studie používající úkol Gambling zjistily nedostatky v různých neurologických (např. amygdala a OMPFC) a psychiatrických populacích (např. schizofrenie, mánie, drogoví závisláci), poskytující podporu SMH.
Někteří badatelé se však domnívají, že použití somatických markerů (tj. aferentní zpětné vazby) by bylo velmi neefektivní metodou ovlivnění chování. Damasiova představa o jako-kdyby zkušenosti závislé na zpětné vazbě, kdy tělesné reakce jsou znovu zastoupeny s využitím somatosenzorické kůry (postcentrální gyrus), také navrhuje neefektivní metodu ovlivnění explicitního chování. Možná by bylo výhodnější přijmout úskočnou pozici Rollse (1999), který prohlásil, že; „bylo by velmi neefektivní a hlučné umístit do způsobu provedení periferní reakci a převodníky se pokoušet změřit tuto periferní reakci, sama o sobě notoricky obtížný postup“ (p73). Posilovací asociace umístěná v orbitofrontální kůře a amygdale, kde je dekódována motivační hodnota podnětů, je dostatečná k vyvolání emocionálního učení a ovlivnění chování například prostřednictvím orbitofrontální-striatální dráhy Tento proces může nastat prostřednictvím implicitních nebo explicitních procesů.