Kladogeneze je evoluční rozštěpení, při kterém každá větev a její menší větve tvoří „klad“, evoluční mechanismus a proces adaptivní evoluce, který vede k rozvoji větší škály sesterských organismů.
Kladogeneze je často v kontrastu s anagenezí, kdy postupné změny u původního druhu vedou k jeho případnému „nahrazení“ novou formou (tj. nedochází k „rozštěpení“ fylogenetického stromu).