Cytoarchitektonika mozkové kůry je studium cytoarchitektury nervových buněk v mozkové kůře mozku.
Tato praxe, původně realizovaná školou ve Wernike, používala různou strukturu a organizaci buněk do vrstev k definování funkčních oblastí v mozkové kůře. Cytoarchitektonie, aplikovaná zejména na studium centrálního nervového systému, je jednou z cest, jak analyzovat mozek (spolu s hrubou anatomií, topografií, autoradiografií vázající receptory, imunohistochemií atd.), získáním částí mozku a jejich barvením chemickými látkami, které odhalují, jak jsou těla nervových buněk (nebo neurony) „naskládána“ do vrstev. Studium parcelace nervových vláken (především axonů) do vrstev tvoří předmět myeloarchitektoniky (μυελός=dřeň + αρχιτεκτονική=architektura), přístup doplňující cytoarchitektoniku.
Zrození cytoarchitektoniky lidské mozkové kůry je připisováno vídeňskému psychiatrovi Theodoru Meynertovi (1833-1892), který si v roce 1867 všiml regionálních odchylek v histologické struktuře různých částí šedé hmoty v mozkových hemisférách. Dalšími mozkovými vědci, kteří následně přispěli dalšími klasickými studiemi kortikální cytoarchitektoniky, jsou: Angličan Alfred Walter Campbell (1868-1937), který představil systém kortikální parcelace do 14 oblastí; Sir Grafton Elliot Smith (1871-1937), rodák z Nového Jižního Walesu pracující v Káhiře, s pozorováními identifikujícími 50 oblastí; Korbinian Brodmann (1868-1918) v Berlíně, pracující na mozcích různých druhů savců a vyvíjející rozdělení mozkové kůry do 52 diskrétních oblastí (z toho 44 v lidském a zbývajících 8 v mozku subhumánních primátů); a neurologové Constantin von Economo (1876-1931) a Georg N. Koskinas (1885-1975) ve Vídni, kteří vytvořili přelomovou práci ve výzkumu mozku definováním 107 kortikálních oblastí na základě cytoarchitektonických kritérií.
Nisslova barvicí technika (pojmenovaná po Franzi Nisslovi, neurovědci a histologovi, který tuto techniku vymyslel) se běžně používá pro stanovení cytoarchitektoniky neuroanatomických struktur za použití běžných látek, jako je thionin, kresylfialová nebo neutrální červená. Tato barviva intenzivně barví „Nisslova těla“ (hrubé endoplazmatické retikulum), která se hojně vyskytují v neuronech a odhalují specifické vzory cytoarchitektury v mozku. Jiné běžné barvicí techniky používané histology v jiných tkáních (jako je hematoxylin a eosin nebo barvení „H&E“) zanechávají mozkovou tkáň ve vzhledu do značné míry homogenní a neodhalují úroveň organizace, která je patrná u Nisslova barvení. Nisslovo barvení odhaluje detaily od makroskopických, jako je laminární vzor mozkové kůry nebo vzájemně propojené jaderné vzory diencefalonu a mozkového setmu, až po mikroskopické, jako je rozlišení mezi jednotlivými neurony a glií v jakékoli suboblasti centrálního nervového systému. K doplnění Nisslovy cytoarchitektonie je k dispozici mnoho dalších neuroanatomických a cytoarchitektonických technik, včetně imunohistochemie a hybridizace in situ, které umožňují označit jakýkoliv gen nebo protein exprimovaný v jakékoli skupině buněk v mozku. Nicméně Nisslova cytoarchitektura zůstává spolehlivým, levným a známým výchozím nebo referenčním bodem pro neurovědce, kteří chtějí zkoumat nebo sdělovat své poznatky v široce uznávaném anatomickém rámci a/nebo v odkazu na neuroanatomické atlasy, které používají stejnou techniku.