Typový exemplář pro Marocaster coronatus – MHNT
V biologii se typem rozumí jeden konkrétní exemplář (nebo v některých případech skupina exemplářů) organismu, ke kterému je formálně přiřazen vědecký název tohoto organismu. Jinými slovy, typem se rozumí příklad, který slouží k ukotvení nebo centralizaci definičních znaků daného taxonu.
Taxon je vědecky pojmenované seskupení organismů s jinými podobnými organismy, soubor, který zahrnuje některé organismy a vylučuje jiné, na základě podrobného publikovaného popisu (například popis druhu) a na základě poskytnutí typového materiálu, který je obvykle k dispozici vědcům pro zkoumání ve velké muzejní výzkumné sbírce, nebo podobné instituci.
Podle přesného souboru pravidel stanovených ICZN a ICBN je vědecký název každého taxonu téměř vždy založen na jednom konkrétním exempláři, nebo v některých případech na exemplářích. Typy mají velký význam pro biology, zejména pro taxonomy. Typy jsou obvykle fyzické exempláře, které jsou uchovávány v muzeu nebo ve sbírce herbářových výzkumů, ale pokud to není možné, byl někdy jako typ označen obraz jedince tohoto taxonu. Popisování druhů a jmenování typových exemplářů je součástí vědecké nomenklatury a alfa taxonomie.
Při identifikaci materiálu se vědec pokouší aplikovat taxonové jméno na exemplář nebo skupinu exemplářů na základě svého chápání příslušného taxonu na základě (alespoň) přečtení typového popisu (typových popisů), nejlépe na základě zkoumání veškerého typového materiálu všech příslušných taxonů. Pokud existuje více než jeden pojmenovaný typ, který se jeví jako stejný taxon, pak má přednost nejstarší jméno a považuje se za správné jméno daného materiálu. Pokud se naopak zdá, že taxon nebyl nikdy pojmenován, pak vědec nebo jiný kvalifikovaný odborník vybere typový exemplář a zveřejní nový název a oficiální popis.
Tento proces je klíčový pro vědu o biologické taxonomii. Představy lidí o tom, jak by měly být živé věci seskupeny, se v průběhu času mění a posouvají. Jak víme, že to, co nazýváme „Canis lupus“, je to samé, nebo přibližně to samé, jako to, co budou za 200 let nazývat „Canis lupus“? Je možné to ověřit, protože v nějakém muzeu je zachovaný konkrétní exemplář vlka,
V závislosti na kódu nomenklatury aplikovaném na dotyčný organismus může být typem exemplář, kultura, ilustrace, popis nebo taxon.
Například ve výzkumné sbírce Přírodovědného muzea v Londýně je exemplář ptáka s číslem 1886.6.24.20. Jedná se o exemplář druhu ptáka běžně známého jako Harrier skvrnitý, který v současnosti nese vědecký název Circus assimilis. Tento konkrétní exemplář je holotypem tohoto druhu; název Circus assimilis odkazuje z definice na druh tohoto konkrétního exempláře. Tento druh byl pojmenován a popsán Jardinem a Selbym v roce 1828 a holotyp byl umístěn do muzejní sbírky, aby na něj ostatní vědci mohli odkazovat podle potřeby.
Všimněte si, že alespoň u typových exemplářů není vyžadováno, aby byl použit „typický“ jedinec. Rody a čeledi, zejména ty, které byly založeny ranými taxonomy, bývají pojmenovány podle druhů, které jsou pro ně více „typické“, ale ani zde tomu tak vždy není a kvůli změnám v systematice tomu tak být nemůže. Proto se někdy používá termín typ nesoucí jméno nebo onomatofor, který označuje skutečnost, že biologické typy nedefinují „typické“ jedince nebo taxony, ale spíše fixují vědecký název na konkrétní operační taxonomickou jednotku. Typové exempláře mohou být teoreticky dokonce aberantními nebo deformovanými jedinci nebo barevnými variacemi, i když se to zřídka volí jako tento případ, protože je těžké určit, ke které populaci jedinec patřil.
Použití pojmu typ poněkud komplikuje mírně odlišné použití v botanice a zoologii. Ve PhyloCode jsou definice založené na typu nahrazeny fylogenetickými definicemi.
V některých starších taxonomických dílech bylo slovo „typ“ někdy používáno odlišně. Význam byl podobný v prvních zákonech botanické nomenklatury, ale má význam bližší výrazu taxon v některých jiných dílech:
Ce seul caractère permet de distinguer ce type de toutes les autres espèces de la section. … Après avoir étudié ces diverses formes, j’en arrivai à les considérer comme appartenant à un seul et même type spécifique.
Překlad: Tento jediný znak umožňuje [jeden] odlišit tento typ od všech ostatních druhů v sekci … Po studiu různých forem, jsem přišel na to, považovat je za patřící k jednomu a stejný specifický typ.
Gossamer-okřídlený motýl Jamides elioti, horní pár je horní a spodní plocha holotypu, spodní pár je paratyp
V zoologické nomenklatuře je typem druhu (nebo poddruhu) exemplář (nebo série exemplářů), typem rodu (nebo podrodu) je druh a typem supragenerického taxonu (např. čeledi atd.) je rod. Názvy vyšší než nadčeledi nemají typy. „Typ nesoucí jméno“ „poskytuje objektivní referenční standard, podle kterého lze určit použití názvu nominálního taxonu.“
Typové ilustrace Mormopterus acetabulosus
Ačkoli ve skutečnosti mohou biologové zkoumat mnoho exemplářů (jsou-li k dispozici) nového taxonu před napsáním oficiálního publikovaného popisu druhu, nicméně podle formálních pravidel pro pojmenovávání druhů (Mezinárodní kód zoologické nomenklatury) musí být jako součást publikovaného popisu označen jediný typ.
Zoologické sbírky spravují univerzity a muzea. Zajištění toho, aby typy byly udržovány v dobrém stavu a aby byly zpřístupněny k prozkoumání taxonomy, jsou dvě důležité funkce takových sbírek. A i když je určen pouze jeden holotyp, mohou existovat i jiné „typové“ exempláře, z nichž následující jsou formálně definovány:
Když je v původním popisu jasně označen jediný exemplář, je tento exemplář znám jako holotyp tohoto druhu. Holotyp je obvykle umístěn ve velkém muzeu nebo v podobné dobře známé veřejné sbírce, takže je volně k dispozici pro pozdější zkoumání jinými biology.
Když původní popis určil holotyp, mohou být v typové řadě stále uvedeny další exempláře a ty jsou označovány jako paratypy. Ty nejsou pojmenované
Neotyp je exemplář, který byl později vybrán, aby sloužil jako samostatný exemplář, když byl původní holotyp ztracen nebo zničen nebo když původní autor nikdy exemplář neuvedl.
Syntetyp je jeden ze dvou nebo více exemplářů, který je uveden v popisu druhu, kde nebyl určen žádný holotyp; historicky byly syntypy často takto výslovně označeny a podle současného kodexu je to požadavek, ale moderní pokusy publikovat popis druhu na základě syntypů jsou praktikujícími taxonomy obecně odsuzovány a většina z nich je postupně nahrazována lekotypy. Ty, které stále existují, jsou stále považovány za pojmenovatelné typy.
V biologické nomenklatuře je syntyp termín používaný k označení exempláře se zvláštním statusem.
V zoologické nomenklatuře je syntyp definován jako „Každý exemplář typové řady (q.v.), ze které nebyl označen ani holotyp, ani lectotyp [Čl. 72.1.2, 73.2, 74]. Synypy společně tvoří typ nesoucí jméno.“ (Glosář zoologického kodexu ). Tato praxe byla historicky běžná a ty syntypy, které nebyly nahrazeny, jsou stále považovány za typy nesoucí jméno. Historicky byly syntypy takto často výslovně označeny. Podle současného Mezinárodního kodexu zoologické nomenklatury je u názvů nově zveřejněných nyní, po roce 1999, požadavek „výslovně uvést [… ty exempláře…], ze kterých nový taxon [i]vychází […].“ (Čl. 72.3 zoologického kodexu). Popisování druhů nebo poddruhů, založených na syntypech, je v moderní praxi praktikujícími taxonomy obecně odsuzováno. V současné době je akceptováno několik výjimek, například druh Huffmanela (Nematoda) popsaný pouze z vajec (vajíčka jsou syntypy). Ze syntypů může být určen lectotyp, který ostatní exempláře redukuje na status paralektotypu. Již se nejedná o pojmenovatelné typy, i když v případě ztráty nebo zničení lectotypu je obecně vhodnější použít jako náhradu konspecifický paralektotyp (neotyp). Pokud se zjistí, že exempláře v řadě syntypů patří k různým taxonům, může to způsobit nomenklaturní nestabilitu, protože nominální druhy mohou být interpretovány různými způsoby.
V botanické nomenklatuře je syntyp definován jako „jakýkoli exemplář citovaný v protologu, pokud neexistuje holotyp, nebo kterýkoli ze dvou nebo více exemplářů současně označených jako typy“. (čl. 9.4 botanického kodexu z roku 2006).
Lektotyp je exemplář, který byl později vybrán, aby sloužil jako samostatný exemplář pro druhy původně popsané ze souboru syntypů.
V botanické nomenklatuře a zoologické nomenklatuře je lectotyp druhem názvoslovného typu. Pokud byl druh původně popsán na základě názvoslovného typu sestávajícího z více exemplářů, jeden z nich může být označen jako lectotyp. lectotyp je jediný exemplář vybraný ze syntypů, aby sloužil jako jediný exemplář se jménem nesoucí typ, a je tak formálně označen. To, že existuje jediný název nesoucí typ, snižuje možnost záměny, zejména vezmeme-li v úvahu, že není neobvyklé, že řada syntypů obsahuje exempláře více než jednoho druhu.
Významným příkladem je Carl Linnaeus, který je lekotypem druhu Homo sapiens.
Paraktotyp je jakýkoli další vzorek ze souboru syntypů poté, co byl z nich určen lekotyp. Nejedná se o typy nesoucí jméno.
Zvláštní případ v Protistanech, kde se typ skládá ze dvou nebo více exemplářů „přímo příbuzných jedinců představujících odlišná stádia životního cyklu“; tito jedinci jsou kolektivně považováni za jednu entitu a lekotypy z nich nelze určit.
Alternativy ke konzervovaným exemplářům
Typové ilustrace používali i zoologové, jako v případě papouška Réunionského, který je znám pouze z historických ilustrací a popisů.:24
Nedávno byly popsány některé druhy, kde byl typový exemplář vypuštěn živý zpět do volné přírody, jako například Bulo Burti Boubou (bušrut), popisovaný jako Laniarius liberatus, ve kterém popis druhu zahrnoval sekvence DNA ze vzorků krve a peří. Za předpokladu, že v budoucnu nevznikne žádná otázka ohledně statusu takového druhu, absence typového exempláře neruší platnost názvu, ale v budoucnu může být nutné označit neotyp pro takový taxon, pokud by se objevily nějaké otázky. V případě bušrutu však ornitologové argumentovali, že exemplář byl vzácným a dosud neznámým barevným morfem dlouho známého druhu, který používal pouze dostupné vzorky krve a peří. I když se stále diskutuje o potřebě uložit skutečně usmrcené jedince jako typové exempláře, lze pozorovat, že při řádném poukazování a skladování mohou být vzorky tkání stejně cenné i v případě, že vzniknou spory o platnosti druhu.
Formalizace typového systému
Různé výše uvedené typy jsou nezbytné[citace potřebná], protože mnoho druhů bylo popsáno před jedním nebo dvěma stoletími, kdy jeden typový exemplář, holotyp, často nebyl označen. Také typy nebyly vždy pečlivě konzervovány a zasahující události jako války a požáry vedly ke zničení původního typového materiálu. Platnost názvu druhu často závisí na dostupnosti původních typových exemplářů; nebo, pokud typ nelze najít, nebo takový nikdy neexistoval, na srozumitelnosti popisu.
ICZN existuje teprve od roku 1961, kdy bylo vydáno první vydání kodexu. ICZN ne vždy požaduje typový exemplář pro historickou platnost druhu a mnoho druhů „bez typu“ existuje. Současné vydání kodexu, čl. 75 odst. 3, zakazuje označení neotypu, pokud neexistuje „výjimečná potřeba“ pro „objasnění taxonomického statusu“ druhu (čl. 75 odst. 2).
Existuje mnoho dalších permutací a variací na pojmy používající příponu „-type“ (např. alotype, cotype, topotype, generitype, isotype, isoneotype, isolectotype, atd.), ale tyto nejsou formálně regulovány kodexem a velká část z nich je zastaralá a/nebo idiosynkratická. Některé z těchto kategorií se však mohou potenciálně vztahovat na skutečné typové exempláře, jako je neotype; např. izotypové/topotypové exempláře jsou preferovány před jinými exempláři, pokud jsou k dispozici v době, kdy je vybrán neotype (protože jsou ze stejného času a/nebo místa jako původní typ).
Výraz fixace používá Kodex pro deklaraci názvoslovného typu, ať už původním nebo následným označením.
Ropucha obecná, Bufo bufo popsaná Linnaeusem, je typovým druhem rodu Bufo
Každý rod musí mít určený typový druh (termín „genotyp“ se pro to kdysi používal, ale byl opuštěn, protože slovo bylo kooptováno pro použití v genetice a je v tomto kontextu mnohem známější). Popis rodu je obvykle založen především na jeho typovém druhu, modifikovaném a rozšířeném o rysy jiných zařazených druhů. Generický název je trvale spojován s typem nesoucím jméno jeho typového druhu.
V ideálním případě typový druh nejlépe ilustruje základní charakteristiky rodu, do kterého náleží, ale to je subjektivní a v konečném důsledku technicky irelevantní, protože to není požadavek kodexu. Pokud typový druh při bližším zkoumání prokáže, že náleží k již existujícímu rodu (běžný jev), pak musí být všechny základní druhy buď přesunuty do již existujícího rodu, nebo odděleny od původního typového druhu a dán nový druhový název; starý druhový název přechází do synonyma a je opuštěn, pokud neexistuje naléhavá potřeba udělat výjimku (rozhodováno případ od případu, prostřednictvím petice Mezinárodní komisi pro zoologickou nomenklaturu).
Typový rod je rod, ze kterého se utváří jméno čeledi nebo podčeledi. Stejně jako u typových druhů není typový rod nutně nejreprezentativnější, ale obvykle jde o nejstarší popsaný, největší nebo nejznámější rod. Není neobvyklé, že se jméno čeledi zakládá na jménu typového rodu, který přešel do synonyma; jméno čeledi se v takové situaci nemusí měnit.