Kraepelin řekl, že psychiatrická onemocnění jsou způsobena především biologickými a genetickými poruchami. Jeho psychiatrické teorie dominovaly oboru psychiatrie na počátku dvacátého století a ve své podstatě opět od jeho konce. Kraepelin se postavil proti přístupu Sigmunda Freuda, který považoval a léčil psychiatrické poruchy za způsobené psychologickými faktory, zakořeněnými ve vnímání a myšlení.
Vytvoření dezgnostického systému
V roce 1886, ve věku 30 let a po pouhých osmi letech studia, byl jmenován profesorem na univerzitě v Tartu (tehdy Dorpat) v dnešním Estonsku a stal se ředitelem univerzitní kliniky s osmdesáti lůžky. Tam byl schopen podrobně studovat a zaznamenávat mnoho klinických historií a „byl veden k tomu, aby zvážil význam průběhu nemoci s ohledem na klasifikaci duševních poruch“.
O deset let později oznámil, že našel nový způsob, jak nahlížet na duševní choroby. O tradičním pohledu mluvil jako o „symptomatickém“ a o svém jako o „klinickém“. Ukázalo se, že to byla jeho paradigmatická syntéza stovek duševních poruch klasifikovaných v 19. století, která seskupovala nemoci dohromady na základě klasifikace syndromů – běžných vzorců příznaků – spíše než na základě prosté podobnosti hlavních příznaků po vzoru jeho předchůdců. Ve skutečnosti právě kvůli prokázané nedostatečnosti takových metod Kraepelin vyvinul svůj nový diagnostický systém.
Jedním ze základních principů jeho metody bylo poznání, že kterýkoli daný příznak se může objevit prakticky u kterékoli z těchto poruch; např. u dementia praecox se nevyskytuje téměř žádný jednotlivý příznak, který by někdy nebylo možné nalézt u manické deprese. To, co odlišuje každou nemoc symptomaticky (na rozdíl od základní patologie), není žádný konkrétní (patogenní) příznak nebo symptomy, ale specifický vzorec příznaků. Při absenci přímého fyziologického nebo genetického testu nebo markeru pro každou nemoc je možné je odlišit pouze podle jejich specifického vzorce příznaků. Kraepelinův systém je tedy metodou pro rozpoznávání vzorců, nikoli seskupování podle běžných příznaků.
Praecox demence a maniodeprese
Kraepelinovi je specificky připisována klasifikace toho, co bylo dříve považováno za unitární pojetí psychózy, do dvou odlišných forem:
Na základě svého dlouhodobého výzkumu a s využitím kritérií samozřejmě, výsledku a prognózy vypracoval koncept dementia praecox, který definoval jako „subakutní vývoj zvláštního jednoduchého stavu mentální slabosti, který se vyskytuje v mladistvém věku“. Když tento koncept poprvé představil jako diagnostickou entitu ve čtvrtém německém vydání svého Lehrbuch der Psychiatrie v roce 1893, byl zařazen mezi degenerativní poruchy vedle, ale odděleně od katatonie a paranoidních demencí. Tehdy tento koncept do značné míry korespondoval s hebefrenií Ewalda Heckera. V šestém vydání Lehrbuch v roce 1899 jsou všechny tři tyto klinické typy považovány za různé projevy jedné nemoci, dementia praecox.
Kraepelin také prokázal specifické vzorce v genetice těchto poruch a specifické a charakteristické vzorce v jejich průběhu a výsledku. Obecně řečeno, mezi příbuznými schizofrenních pacientů bývá více schizofreniků než v běžné populaci, zatímco maniodeprese je častější u příbuzných maniodepresivních.
Hlásil také průběh a výsledek těchto stavů. Kraepelin se domníval, že schizofrenie má zhoršující se průběh, kdy duševní funkce průběžně (i když možná kolísavě) klesají, zatímco u maniodepresivních pacientů se vyskytoval průběh nemoci, který byl přerušovaný, kdy pacienti byli v intervalech, které oddělují akutní epizody, relativně bez příznaků. To vedlo Kraepelina k pojmenování toho, co dnes známe jako schizofrenie, dementia praecox (demenční část znamenající nevratný duševní úpadek). (Později vyšlo najevo, že dementia praecox nemusí nutně vést k duševnímu úpadku, a tak byla přejmenována Eugenem Bleulerem, aby opravil chybný název.)
Kraepelinův velký přínos při objevování schizofrenie a manicko-depresivní deprese zůstává široké veřejnosti poměrně neznámý a jeho dílo, které nemělo ani literární kvalitu, ani paradigmatickou sílu Freudovy, je málo čteno mimo vědecké kruhy.
Kraepelinovo místo v historii
Kraepelin předpokládal, že za každou z hlavních psychiatrických poruch stojí specifická mozková nebo jiná biologická patologie. Jako kolega Aloise Alzheimera a spoluobjevitel Alzheimerovy choroby to byla jeho laboratoř, která objevila její patologický základ. Kraepelin byl přesvědčen, že jednou bude možné identifikovat patologický základ každé z hlavních psychiatrických poruch.
Stejně důležitá, ale také málo známá metoda diferenciální diagnostiky byla poprvé navržena pro použití v diagnostice duševních poruch Emilem Kraepelinem. Je systematičtější než staromódní metoda diagnostiky gestaltem (dojmem).
Kraepelinovy příspěvky byly do značné míry marginalizovány po značnou část dvacátého století, během úspěchu freudovských etiologických teorií. Nicméně jeho názory dnes dominují psychiatrickému výzkumu a akademické psychiatrii a dnes publikovaná literatura v oblasti psychiatrie je ve své orientaci převážně biologická. Kraepelinovy základní teorie o etiologii a diagnostice psychiatrických poruch tvoří základ všech hlavních diagnostických systémů používaných dnes, zejména Diagnostického statistického manuálu Americké psychiatrické asociace a systému ICD Světové zdravotnické organizace. Diagnostické přístupy, které jsou příkladem těchto dvou nomenklatur, jsou si velmi podobné a představují návrat k popisné psychiatrii, v níž se pečlivé pozorování příznaků, znaků a průběhu duševních chorob stává samotným diagnostickým kritériem.
V tomto smyslu je Kraepelinův význam nejen historický, ale současná vědecká psychiatrie přímo vychází z jeho poznatků a teorií.
V mnoha ohledech lze tato nejnovější klasifikační schémata považovat za návrat k fenomenologické psychiatrii, jehož asi nejlepším příkladem byl na počátku tohoto století Emil Kraepelin. Poslední vývoj psychiatrické diagnostiky lze tedy považovat za neokraepeliniánský. Protože představují poměrně radikální změnu od psychodynamických přístupů k hodnocení a diagnostice, lze je také označit za revoluční.