V roce 1906 byly různé Carlovy podivné sny o tomto období Freudem interpretovány jako předzvěst „nezdaru manželství pro peníze“ (das Scheitern einer Geldheirat).
Emma se o manželovu práci silně zajímala a sama se stala uznávanou psycholožkou. Zvláštní zájem si vypěstovala o legendu o grálu. Než se vzali, byla psychoanalytičkou, i když její „nezávislost“ na něm v této oblasti je silně zpochybňována. I ona si pravidelně dopisovala se Sigmundem Freudem.
Někdy kolem narození jejího pátého a posledního dítěte, v roce 1914, začal Carl vztah s mladou pacientkou Toni Wolffovou, který trval desítky let. Deidre Bairová (životopiskyně Carla Junga) popisuje, jak se Emma vznešeně zachovala, když Jung trval na tom, aby se Toni stala součástí jejich domácnosti, a řekl, že Toni je „jeho druhá žena“. Wolff se snažil přesvědčit Carla, aby se s Emmou rozvedl, ale k tomu nedošlo. Měl také poměr se Sabinou Spielreinovou.
Když zemřela, Karel vytesal do jejího jména kámen: „Byla základem mého domu.“ Také prý křičel: „Byla královnou! Byla královnou!“ (Sie war eine Königin! Sie war eine Königin!) zatímco pro ni truchlil.