Ensembl je bioinformatický výzkumný projekt právě Genome Browser, jehož cílem je „vyvinout softwarový systém, který produkuje a udržuje automatické anotace na vybraných eukaryotických genomech“. Běží ve spolupráci Wellcome Trust Sanger Institute a European Bioinformatics Institute, předstihu Evropské laboratoře molekulární biologie.
Většina vytvářeného a používaného softwaru je napsána v jazyce Perl a je založena na infrastruktuře BioPerl. Perl API lze snadno použít i v jiných genomických projektech, např. pro anotaci seznamů genů nebo klonů.
Kód webových stránek používá rozšiřitelný systém pluginů, který umožňuje skupinám modifikovat webové stránky pro jejich vlastní datové soubory, např. Vega, která ukládá a zobrazuje manuální anotace a Gramene, která ukládá genomy rostlin.
Službu využívají molekulární biologové a bioinformatici po celém světě, kteří pracují s genomovými daty výše uvedených organismů. Předpovědi kódování, kontroly a dalších prvků v genomech lze porovnat s primárními výzkumnými daty a s běžnými úložišti současných genomových znalostí (biologické databáze).
Zvláštní zájem je o porovnání organismů (srovnávací genomika nebo také intergenomika) s ohledem na jejich genové struktury a kódované proteiny. Pohled na synteny může být užitečným vzdělávacím materiálem pro školní třídy.