Funkční pálení žáhy je pálení žáhy z neznámé příčiny. Je spojeno s dalšími funkčními gastrointestinálními poruchami, jako je syndrom dráždivého tračníku, a je primární příčinou nedostatečného zlepšení po léčbě inhibitory protonové pumpy (PPI). PPI jsou však stále primární léčbou s mírou odpovědi u asi 50% lidí. Diagnóza je založena na kritériích Říma III 1) pálení retrosternální diskomfort 2) absence GERD jako příčiny 3) žádné poruchy motility jícnu. V jednom průzkumu bylo zjištěno, že je přítomen u 22,3% Kanaďanů.