V biologii je mechanismus součástí odpovědi na otázku, proč k nějakému objektu nebo procesu došlo. Mechanismus tedy odkazuje zpět od objektu nebo procesu, podél nějakého řetězce příčinných souvislostí. Žádný popis mechanismu není nikdy úplný. Mechanismus slunečního světla může například zahrnovat rotaci Země, oběžnou dráhu Země, Slunce, jaderné reakce, teplo, teplotu, záření, elektromagnetickou teorii o šíření světla, formování sluneční soustavy atd. Srovnejte to s funkcí objektu nebo procesu, který se těší podél nějakého řetězce příčinných souvislostí na cíl nebo evoluční úspěch.
V minulých desetiletích bylo poskytnuto mnoho charakterizací/definic mechanismů ve filozofii vědy/biologie. Například jedna z vlivných charakterizací neuro- a molekulárních biologických mechanismů je: mechanismy jsou entity a činnosti organizované tak, že jsou produktivní pravidelných změn od začátku do ukončení podmínek (Peter Machamer, Lindley Darden, & Carl Craver 2000; ‚MDC‘ dále). Další charakterizace byly navrženy Stuartem Glennanem (1996, 2002), který formuluje interaktivní popis mechanismů, a Williamem Bechtelem (1993, 2006), který klade důraz na části a operace (srov. MDC).
Mechanismy ve vědě/biologii se v posledních několika desetiletích znovu objevily jako předmět filozofické analýzy a diskuse kvůli řadě faktorů, z nichž mnohé se týkají metavědeckých otázek, jako je vysvětlení a příčinná souvislost. Například úpadek modelů vysvětlování krycího práva (CL), např. Hempelův deduktivně-nomologický model, podnítil zájem o to, jak by mechanismy mohly hrát vysvětlující roli v určitých oblastech vědy, zejména v disciplínách vyšší úrovně, jako je biologie (tj. neurobiologie, molekulární biologie, neurověda atd.). Není to jen kvůli filozofickému problému s nějakým popisem toho, s jakými „zákony přírody“, se modely CL setkávají, ale také kvůli nezpochybnitelnému faktu, že většina biologických jevů není charakteristická z nomologického hlediska (tj. z hlediska zákonných vztahů). Například bílkovinná biosyntéza neprobíhá podle žádného zákona, a proto na modelu DN nemohlo být uvedeno žádné vysvětlení fenoménu biosyntézy.
Mechanistická vysvětlení se vyskytují v mnoha podobách. Wesley Salmon navrhuje ontický pohled na to, co nazývá „kauzálně-mechanickým“ vysvětlením, totiž že vysvětlení jsou na světě. Existují dva druhy ontického vysvětlení: etiologické a konstitutivní. Zatímco Salmon se zaměřuje především na etiologické vysvětlení, s ohledem na které se vysvětluje nějaký jev P určením jeho příčin (a tedy jeho lokalizací v kauzální struktuře světa). Konstitutivní (nebo komponentní) vysvětlení naproti tomu zahrnuje popis složek mechanismu M, který je produktivní pro (nebo příčiny) P. Zatímco a) Noam Chomsky rozlišuje mezi popisnou a vysvětlující přiměřeností, kde první je definována jako přiměřenost teorie k zahrnutí alespoň všech položek v doméně (které je třeba vysvětlit), a druhá jako přiměřenost teorie k zahrnutí pouze těchto položek domény, a b) minulé filosofie vědy rozlišují mezi popisy jevů a vysvětleními těchto jevů, v metavědeckém kontextu mechanismů se zdá, že popisy a vysvětlení jsou totožné. To znamená, že k vysvětlení mechanismu M jen je ho popsat (specifikovat jeho složky, stejně jako pozadí, umožnění, a tak dále, podmínky, které tvoří v případě lineárního mechanismu jeho „výchozí podmínky“).
Charakteristika MDC je: mechanismy jsou entity a činnosti organizované tak, že jsou produkcí změn od počátečních podmínek až po podmínky ukončení. Existují tři rozlišitelné aspekty této charakterizace: