Předchůdce NIH vznikl v roce 1887 jako Laboratoř hygieny. Rozrostl se a v roce 1930 byl na základě Ransdellova zákona reorganizován na Národní zdravotní ústavy. Dnes je jedním z nejvýznamnějších světových center lékařského výzkumu a federálním ústředním bodem lékařského výzkumu v USA. NIH, zahrnující 27 samostatných ústavů, center a úřad ředitele, je součástí Ministerstva zdravotnictví a sociálních služeb Spojených států. Současným ředitelem NIH je Elias Zerhouni.
Cílem výzkumu NIH je získávat nové poznatky, které pomohou předcházet, odhalovat, diagnostikovat a léčit nemoci a postižení, od nejvzácnějších genetických poruch až po obyčejné nachlazení. Posláním NIH je objevovat nové poznatky, které povedou ke zlepšení zdraví pro všechny. NIH pracuje na tomto poslání: provádí výzkum ve vlastních laboratořích, podporuje výzkum vědců, kteří nejsou federálními vědci, na univerzitách, lékařských fakultách, v nemocnicích a výzkumných institucích v celé zemi i v zahraničí, pomáhá při vzdělávání výzkumných pracovníků a podporuje komunikaci informací z oblasti medicíny a zdravotnictví.