Negativní selekce nebo čistící selekce je v přirozeném výběru selektivní odstranění alel, které jsou škodlivé. To může vést ke stabilizaci selekce prostřednictvím čištění škodlivých variací, které vznikají.
Odstranění škodlivých alel lze dosáhnout na úrovni populační genetiky, přičemž jednotkou selekce je pouze jedna bodová mutace. V takovém případě mají nositelé škodlivé bodové mutace každou generaci méně potomků, což snižuje frekvenci mutace v genofondu.
V případě silné negativní selekce na lokusu dojde při čištění škodlivých variant k občasnému odstranění vázané variace, což vede ke snížení úrovně variace obklopující lokus pod selekcí. Náhodné čištění ne-škodlivých alel v důsledku takové prostorové blízkosti škodlivých alel se nazývá selekce pozadí. Tento efekt se zvyšuje s vyšší rychlostí mutace, ale snižuje se s vyšší rychlostí rekombinace.