Disassortativní pohlavní výběr je forma pohlavního výběru, při níž si jedno pohlaví vybírá druhé, a to takovým způsobem, že potomek těží z rozmanitosti rodičovských genotypů. Dvěma příklady této formy výběru jsou vlastní inkompatibilita u rostlin a genů MHC třídy III.